縱觀人類曆史，傳染病的爆發和蔓延與人類生活環境的改變休戚相關。通過生物學知識可知，當一個動物種群密度過高時，就容易爆發傳染病。據考古學家考證，在人類還處在原始的狩獵和采集生產階段時，傳染病是幾乎不存在的。大約1萬年前人類進入農耕文明時代後，人們開始定居生活，大規模開墾農田並馴養動物，人口商貿往來交流日益頻繁，微生物生態環境發生變化，導致細菌變異，傳染病也應運而生並逐步蔓延。
在過去的1000多年時間裏，戰爭、通商、移民等大規模遠距離的人口流動加劇了傳染病的擴散。尤其是近代以來，隨著航海事業的興起，原本在各個大陸老死不相往來的人口開始頻繁接觸，傳染病的流行日趨猖獗。14世紀，一艘運載香料的意大利商船停靠在熱那亞的一個港口，船上的老鼠跑到岸上，將當時被稱為“黑死病”的致命病菌擴散開去。沒多久這種病菌便迅速在整個歐洲蔓延開來，歐洲境內很多地方1／3甚至1／2的人口被吞噬。在14～15世紀，歐洲殖民主義者把天花、麻疹、流感等病毒帶到美洲。由於長期與世隔絕，美洲印第安人對這些病毒沒有任何抵抗力，90％的美洲印第安土著被滅絕，歐洲殖民者由此不得不從非洲大規模販賣黑奴到美洲充當勞動力。
傳染病不僅可以奪取大量的生命，甚至還在一定程度上改變了人類曆史的進程。公元前5世紀西方史上著名的伯羅奔尼撒戰爭使新型流行病傳到了希臘，1/4的雅典軍隊和城邦人口死亡，雅典稱霸古希臘的雄心因此破滅。一次世界大戰期間爆發的大流感先起源於美軍位於堪薩斯州的一個軍營，後渡海傳到在歐洲參加世界大戰的美國士兵中，之後又在意大利、德國、法國大麵積傳播，最後導致2100萬人死亡。有人由此斷言，是這場流感結束了一次大戰。
18世紀末，英國醫生愛德華·琴納發明“牛痘”技術防禦天花以來，人類對傳染病的鬥爭進入了一個新的階段。在傳染病巨大的殺傷力麵前，各國逐漸掌握對付它的規律，開始大力發展公共衛生事業，加強對傳染病疫苗的研製。20世紀前半葉，由於醫藥衛生條件和營養狀況的改善以及各種抗生素和疫苗的問世，傳染病的死亡人數不斷下降。到20世紀70年代後期，天花被最後消滅了，不少長期肆瘧的傳染病得到了遏製。
一些舊的病毒在逐漸地被征服，但一些新型傳染病又相繼出現了。過去20多年來，世界各地至少出現了30多種新的傳染病，如艾滋病毒、埃博拉病毒、尼巴病毒、西尼羅河病毒等。據世界衛生組織2001年發表的報告表明，傳染病仍是威脅人類健康的“第一殺手”，每年全世界約有5400萬人死亡，其中近2000萬死於各種傳染病。一些似乎已被征服的傳染病也重新出現，如1990年俄羅斯爆發的白喉病，它波及東歐15國，病例逾10萬。
人類在征服傳染病病原體的過程中，病菌也在進行著“聰明”的應戰。據醫學專家說，傳染病病菌進化的速度非常快，並在變異過程中，逐步培養起對已有藥物的抗藥性，以超強的生殖力不斷繁衍生息。WHO曾發布一份報告稱，目前“藥物失去作用的速度與科學家發現新藥物的速度差不多”。
現在，隨著人類對環境的進一步破壞，深藏於大自然的原始病毒也逐漸凶相畢露。一些動物，尤其是原始森林中的動物身上的病原體不斷地傳播到人類中間並產生變異，導致新的傳染病流行。眾所周知的艾滋病、埃博拉出血熱就是典型的例子。另外，全球氣候變暖也破壞了微生物的生態平衡，助長了全球傳染病的蔓延流行。