1899年，金石學家王懿榮因病購藥，在北京現中藥店中所售龍骨上刻有一些很古老的文字，意識到這是很珍貴的文物，開始重金收購，進而考證出這些"甲骨文"是"殷人刀筆文字"。19年八國聯軍攻陷北京，王懿榮義憤自盡，所收藏龍骨由其子轉售晚清學者劉鍔。19年，劉鍔將其收藏的甲骨編印出版，成為第一部甲骨文著錄《鐵雲藏龜》。
現商代甲骨文的消息傳開後，整個學術界為之振奮，許多學者加入到收藏甲骨的行列中來。各中藥鋪中的"龍骨"，一時間身價百倍。由於販賣甲骨有暴利可圖，古董商人便把甲骨的出土地點隱瞞起來。198年(一191年)，羅振玉經多方探求，始知甲骨出於"濱洹之屯"，於是多次派人去那裏收購甲骨，並對其上文字作了一些考釋，認為屯就是文獻上所的殷墟，至此，殷墟遺址第一次被學術界所知。1917年，王國維對甲骨文上的資料進行了考據，整理出商王世係表，進一步證實屯就是盤庚遷都的都城。
198年，在傅斯年大力支持下，開始對殷墟進行第一次為期18的試掘，總共出土8餘片有字甲骨以及銅器、陶器、骨器等多種文物。199年春，由李濟主持對殷墟的正式掘。到197年抗日戰爭爆，共進行了15次科學掘，找到了商王朝的宮殿區和王陵區，證實了《竹書紀年》關於商代晚期都邑地望的記載，使得殷墟遺址曾經是商代晚期都邑成了不可動搖的結論。
195年，武官村大墓掘，成為新中國次殷墟掘。1976年，屯西北地現商王武丁配偶"婦好"之墓。到1986年，已經對十幾個點進行了多次的掘，獲得了刻字甲骨15萬片左右。1999年1月，在殷墟遺址東北部地下約米深處，現一座規模巨大的商代城址，這座城址的年代略早於作為商王朝晚期都邑的傳統概念上的"殷墟"，分布上與舊的"殷墟"範圍略有重疊，但整體在洹河北岸，學術界將其命名為"洹北商城"。
隨著考古現的不斷豐富，殷墟研究的範圍也越來越寬，從殷墟文化分期到環境(如地理、地貌、植被、資源、動植物)等;從人種、人口、家族組織，到建築業、手工業(如鑄銅、製玉、製陶、製骨);從農業到埋葬製度、祭祀製度;從文字到藝術以及晚商社會的性質等，商朝逐漸成為信史。
甲骨文是漢字的前身、世界三大最古老的文字體係之一，不僅證明古老的漢字是獨立起源的，還提供了中國古代獨立的文字造字法則，對年以來的中國文化產生了根本性的影響。殷墟甲骨文的現，不僅把中國有文字記載的可信曆史提前到了商朝，而且由於甲骨文內容豐富，涉及殷商政治、經濟、文化、意識形態的各個方麵，對全麵複原殷商社會史具有重要意義，被稱為中國古代乃至人類最早的"檔案庫"。對甲骨的研究，也產生了一門新的學科--甲骨學。