（1）行政手段。通過行政手段獎“好”懲“壞”，是比較有效的管理手段。對保護環境、有利於生態和諧的鄉村生態旅遊項目和開發活動給予政策、物質上的獎勵，對破壞環境、有礙於可持續發展的短期行為應給予堅決製止，並給予懲罰。
（2）科技手段。使用替代能源。提倡低汙染、可循環的能源使用。
加強基礎農業研究，做好本地種的選育工作。
引入綠色農業、無公害農業和有機農業的生產方式，推廣新的農業生產技術，培育三高農業（高產、高質、高效）、生態農業，為鄉村生態旅遊的發展建立堅實的農業產業基礎。
（3）法律手段。貫徹和執行《基本農田保護法》、《土地法》、《環境保護條例》、《野生動植物保護法》等法律、法規，在經營者、旅遊者中普及相關法規的教育，提高旅遊者、旅遊經營者的環保意識。對違反有關法律、法規的行為，依法追究其法律責任。
（4）經濟手段。通過經濟杠杆來調控，用優惠的政策和資金傾斜來鼓勵對環境保護有利的旅遊產品的開發，用較高的經濟門檻、稅收門檻來壓縮和取締對環境有影響和破壞的旅遊產品的開發，形成正確的鄉村生態旅遊發展導向。