3、對小微企業的稅收管理不到位。一些地方的稅務機關覺得小微企業稅收貢獻小，征收成本卻很高，因而將征收重點放在重大項目和稅源上，忽略了對小微企業的經營和稅收申報情況的研究。稅務機關對小微企業，的征收管理僅限於登記、票據管理等，缺乏稅收檢查和納稅評估等方麵的監管。稅務機關的納稅服務觀念、稅收宣傳力度和服務主動性方麵還停留在表麵，影響了稅收政策落實的效果。
4、地方性收費過重。政府委托地方稅務機關收取費用，並按征收額的一定比例支付獎勵，如果企業不按規定繳納，稅務機關將采取不再同意其申領發票等懲罰措施。盡管2012年，國家暫免向小微企業征收的行政事業性收費達13項，然而這些措施的實際影響不大。全國行政事業性收費仍然繼續增長，這將給小微企業帶來嚴重的稅費負擔，限製其正常發展。
5、現行小微企業財稅政策存在缺陷。對小微企業扶持的財政性資金規模小且相對分散，大多小微企業或是享受不到或是滿足不了需求。同時國家沒有統一的財政資金的使用規範，使得支持小微企業的效果不明顯。而現行對小微企業的稅收優惠政策混亂，不是一個完整的係統，稅收優惠多為稅率和減免稅上的，不具有普遍適用性。
二、降低小微企業稅費負擔的對策
1、給予地方政府適當的稅收政策製定權。中國的稅收製度和政策的製定權集中在中央，地方當局幾乎沒有權力。因此，要改革現行的稅收管理體製，擴大地方政府的稅收管理權限，賦予地方政府一定的稅收政策製定權。另外，政府部門應跳出現有針對小微企業稅收優惠上企業規模的劃分，從更多角度進行區別對待。
2、規範涉企部門收費管理。政府收取的各種費用應透明化，編製收費目錄，在相關媒介上公開，讓公眾知道，嚴格收費項目審批係統的基礎上，所有的收費項目、範圍、標準應按相關部門公布的執行，並加強監督，對於違反相關規定亂收費、費用收取金額超標等情形，應當嚴肅處理，為小微型企業健康發展的營造一個良好的氛圍。
3、加強對小微企業的引導和規範。小微企業的創新能力弱，容易被市場淘汰，應當加強對小微企業在製度創新、內部管理等方麵的引導和規範。提高小微企業的創新能力，促進小微企業結構調整，加快新技術在小微企業的推廣和應用，以期達到讓小微企業產業結構調整、更好地享受國家稅收優惠政策、完善內部管理製度、改善經營管理的目的。
4、加大財政稅收扶持力度。稅務機關應充分利用現代網絡技術，開展座談會、印發小冊子、提供谘詢服務，幫助納稅人對稅收政策的完整和正確認識。簡化小企業的稅收減免和財政補貼等的審批，提供“一站式”服務。各個部門應與稅務機關加強聯係，信息共享，減少重複申報。
5、改善稅收服務。稅務局應提高納稅服務水平，促進納稅服務績效評價體係構建，提高服務質量，明確目標和任務，完善服務標準，強化為小微企業主動服務的意識，積極打造“網上辦稅廳”，提高小微企業的辦稅效率。