凡例①
一、神農本草三卷，②三百六十種，分上、中、下三品。梁陶弘景增藥一倍，隨品附入。③唐、宋重修，④各有增附，或並或退，品目雖存，舊額淆混，義意俱失。今通列一十六部為綱，六十類為目，⑤各以類從。三品書名，俱注各藥之下，一覽可知，免尋索也。
一、舊本玉、石、水、土混同，諸蟲、鱗、介不別，或蟲入木部，或木入草部。⑥今各列為部，首以水火，次之以土，水、火為萬物之先，土為萬物母也。次之以金、石，從土也。次之以草、穀、菜、果、木，從微至巨也。次之以服、器，從草、木也。次之以蟲、鱗、介、禽、獸，終之以人，從賤至貴也。⑦
一、藥有數名，今古不同。但標正名為綱，餘皆附於釋名之下，正始也。乃注各本草名目，紀原也。
一、唐、宋增入藥品，或一物再出三出，或二物三物混注。今俱考正分別歸並，但標其綱，而附列其目。如標龍為綱，而齒、角、骨、腦、胎，涎皆列為目；標粱為綱，而赤、黃粱米皆列為目之類。
一、諸品首以釋名，正名也。次以集解，解其出產，形狀，采取也。次以辨疑、正誤，辨其可疑，正其謬誤也。次以修治，謹炮炙也。次以氣味，明性也。次以主治，錄功也。次以發明，疏義也。次以附方，著用也。或欲去方，是有體無用矣。舊本附方二千九百三十五，今增八千一百六十一。⑧
一、唐，宋以朱墨圈蓋分別古今，⑨經久訛謬。今既板刻，但直書諸家本草名目於藥名，主治之下，便覽也。
一、諸家本草，重複者刪去，疑誤者辨正，采其精粹，各以人名，⑩書於諸款之下，不沒其實，且是非有歸也。
一、諸物有相類而無功用宜參考者，或有功用而人卒未識者，俱附錄之。無可附者，附於各部之末。蓋有隱於古而顯於今者，如莎根即香附子，陶氏不識而今則盛行，辟虺雷昔人罕言而今充方物之類，雖冷僻不可遺也。
一、唐，宋本所無，金、元、我明諸醫所用者，增入三十九種。時珍續補三百七十四種。雖曰醫家藥品，其考釋性理，實吾儒格物之學，可裨爾雅、詩疏之缺。
一、舊本序例重繁。今止取神農為正，而旁采別錄諸家附於下，益以張、李諸家用藥之例。
一、古本百病主治藥，略而不切。王氏集要，祝氏證治亦約而不純。今分病原列之，以便施用，雖繁不紊也。
一、神農舊目及宋本總目，附於例後，存古也。（《本草綱目》校點本第一冊，卷首第33～34頁）
【注釋】
①《本草綱目·凡例》，共十二條，是李時珍對本書編撰指導思想的概述。學習本書，應先讀《凡例》，以便全麵了解編寫此書的宗旨，全書的大綱，編寫的體例以及同舊有本草的區別等。
②神農本草：指《神農本草經》。我國第一部本草著作，成書於漢代。全書載365種藥，按三品分類。上品120種，無毒，多服久服不傷人；中品120種，或無毒，或有毒；下品125種，多毒，不可久服。
③陶弘景：南北朝時期梁朝道士，醫藥學家。著《神農本草經注》，增加新藥365種，為原書的一倍。首創藥物分類法，按玉石、草、木、蟲獸、果菜、米食、有名未用七項分類，仍列三品。
④唐宋重修：指唐代重修的《唐本草》，宋代重修的《開寶本草》、《證類本草》等。所載藥物，屢有增加，分類方法也作了改進。
⑤一十六部為綱，六十類為目：《本草綱目》創立的科學分類法。詳見《本草綱目·總目》。
⑥此指舊本草分類的混亂與錯誤，詳見李建元《進本草綱目疏》（校點本第一冊卷首第23頁）。
⑦此明《本草綱目》分類原則，植物藥分類原則是“從微至巨”，動物藥分類原則是“從賤至貴”，寓有生物進化思想。
⑧此段說明《本草綱目》對每種藥物按八個項目加以分析的意義所在。八項指釋名、集解、正誤、修治、氣味、主治、發明、附方。