學園都市內部的區域劃分，從第一到第二十三學區共23個，每個學區有不同的功用。此外還有像都市傳說般存在的“虛數學區”。
第一學區是一個到處都是司法、行政機關的學區，經濟、司法相關大學也位於這個區域。
第二學區是爆炸物或是武器的試驗場、警備員和風紀委員的訓練所所在的學區。第二學區是機密最多的學區。
第三學區內有許多對外設施，有好幾間國際展示場，飯店的檔次在學園都市內也是數一數二。基於不讓機場噪音影響住宿設施的考慮，學園都市特地將迎賓設施安排在距離機場集中的第二十三學區很遠的第三學區，作為對外門戶的第二十三學區裏有鐵道直通第三學區。
第四學區集食品相關設施很多的學區，是學園都市內餐廳最多的場所，全世界的美食都可以在這裏找到。
第五學區有很多一般大學跟短期大學。服飾店跟餐廳等的品位跟其他學區相比，有種比較成熟的氣息。
第六學區是娛樂設施集中的學區。有世界級的遊樂園。
第七學區是高中生和國中生為主的學區，上條的學校和宿舍，常盤台中學和柵川中學都在這個學區，亞雷斯塔的官邸也在這個學區。
第八學區是由老舊商店街和新型大廈群相結合的教職員居住區。
第九學區是由美術工藝相關學校的集中學區。
第十學區在學園都市中，以地價最便宜，治安也最糟糕而聞名。因為這裏地價便宜，所以充滿各種“其他學區敬而遠之”的設施。這裏隻有處理實驗動物用的廢棄廠或原子力相關研究所，是個沒什麼重要設施的學區。學園都市唯一的墓地和少年感化院就坐落在這個學區。
第十一學區麵對學園都市東側外牆，其位置是陸路最大的進出口，擔任陸路的物流基地。一天有進出七千多噸物資的第十一學區，倉庫街相當廣闊。這個以物流最佳化、高速化為目標的學區，除了幾名工程師以外全部自動化。
第十二學區是一個神學係學校集中並且有各國風情的街道並存的學區。
第十三學區是學院都市中，最多幼兒園與小學集中的學區。
第十四學區是留學生最集中的區域。
第十五學區既是學園都市最繁華的學區，也是各種流行元素的發源地，是個電視台和各種媒體機構林立的學區，也是整個學園都市地價最昂貴的地方。
第十六學區是有很多提供高薪打工機會的設施所在的商業規劃區。
第十七學區位於學園都市的西部郊區，是片寬廣的工業地帶，大多是無人控製的自動工廠，人口極端的稀少。
學園都市有自己的工業地帶，可以將自己所研發的實驗品加以“商品化”。但是這裏的工業地帶，跟一般街上那種看起來像出租倉庫一樣的小工廠不同。這裏隻有一棟棟高聳但沒有窗戶的工業大樓，規劃得異常整齊，一點生活感都沒有。雖然工廠是二十四小時運轉，但由於隔音設備太好，完全聽不到任何聲音。