（三）會計檔案保管製度不健全
會計檔案是指包括會計憑證、會計賬簿、會計報表等在內的能夠體現經濟運動發的記錄資料，是財務會計集中核算的依據，更是為了日後查賬提供的曆史記錄。所以，保管好相應的會計檔案是財務會計集中核算的一大要求。但是，事業單位中並不重視會計檔案的保管製度，認為會計檔案可有可無，對於會計檔案的對外提供也十分隨意。這樣就導致了事業單位會計核算的不完善等問題。
（四）貪汙腐敗等問題的出現
在事業單位中，由於個別單位會設法保留資產核算中的一部分資金，作為自己的“資金”來使用，導致資產的核算與事實不符。不僅如此，單位內部也有許多人為能夠從中獲取利潤會向會計部門提供假票據、假憑證，導致資產核算部分不能夠完善地進行，而關係到會計集中核算能否順利進行的嚴峻問題。
四、事業單位的財務會計集中核算控製完善的具體措施
麵對以上事業單位的財務會計集中核算控製中所存在的問題，我們該如何去解決才能夠達到完善事業單位的財務會計集中核算控製呢？下麵將對此進行簡單的探討。
（一）正確處理預算、資產與財務會計集中核算控製關係
加強事業單位的財務會計集中核算的控製，首先就是要正確地處理好資產、預算與財務會計集中核算的關係。首先，要加強會計部門負責人對預算管理的重視性，要正確地意識到預算對財務核算的作用，以及對單位的發展所起到的推動作用，從而完善事業單位預算的製度，為單位發展提供保障；其次，單位一定要完善資產的核算製度，要規範相應資產科目的設定，要根據單位的實際情況來製定相應的實用的明細科目，從而可以完善資產變動的記錄，以免出現錯漏，導致財務會計集中核算出現錯誤，使得財務會計集中核算得不到控製。
（二）加強會計監督與會計核算的聯係
會計核算與會計監督是會計的基本職能，兩者應是相互統一、相互聯係的。但是，隨著財務會計集中核算製度的采取，單位中慢慢出現會計核算與會計監督相互分離的現象。因為，通過財務會計集中核算的執行，注銷了單位的銀行賬戶，並將會計核算與監督從原單位中相互分離了出來，使得會計核算與監督不能夠同時進行，使得相互脫節。兩者若脫節，單位就無法正確地掌握到單位近期的經濟活動，就難以做好相應的財務收支活動的分析與總結。所以，單位在麵對現在的財務會計集中核算的控製中，一定要做到定期或者不定期地金額盤點，采用實地盤點法，並要求會計部門做好金額盤點報告，以達到實時對會計核算監督的目的，從而促進單位各項工作的展開，保護單位資產的安全與完整，達到財務會計集中核算控製的目的。
（三）加強會計人員的管理，加大違法違規行為的懲罰力度
在事業單位的財務會計集中核算控製中，一定要加強對各級會計人員的管理，以保障各項會計憑證的真實性，防止“個人小金庫”的出現，做到真實地登錄會計賬簿，履行會計人員的最基本的職責，從而保障會計資料的真實性，維護事業單位的相應權益。同時，一定要規範各個會計人員的職責，做到將決策與執行人分開，做到每個會計人員職權相互分離、相互監督，以防會計人員越權管理，尤其在可算過程中不得由一個人來進行，而要多個人員進行多核算，以保障財務會計集中核算的真實性，同時實施相應的控製。