苗慕嵐是晚清皇宮裏的一位宮廷禦醫，年齡不過中年，卻因醫術精湛頗受皇帝和慈禧太後賞識。後來，受慈禧恩典，授予其雍正帝時期便留下的《渡神丹方》，並勵其鑽研，以破開丹方裏的奧秘。
此《渡神丹方》實不簡單。傳說中，誰若是揭開了它的奧秘，不但那人能冠以醫聖之名，而且還能煉製出“渡神丹”，借以轉陰陽、逆五行，修煉成仙。
因丹方在苗慕嵐之手，久而久之，他的名氣甚至與慈禧太後身邊的紅人李蓮英相當，就連皇親國戚在宮內見到他都要奉承一番，想著丹方若被他成功破解，也能跟著沾上點光。
不幸的是，正當苗慕嵐苦研丹方到關鍵時期不久，鎮南關起義爆發，反清烈火燃遍大地，雖然最終被清皇室及時撲滅，但苗慕嵐身為禦醫，卻對曆史未來走向有著自己獨到的判斷。
他知道，鎮南關起義僅是開始，今後天下將不再太平。
次年，為了自己和家人能逃避即將燒身的革命烈火，苗慕嵐鬥膽向慈禧太後請辭，承諾還回《渡神丹方》，並雙手奉出他的心血研究成果，以備清皇宮另擇優秀人選繼續鑽研。
誰知慈禧太後聞言大怒，斷然拒絕了他的請辭要求，並告誡他必須盡快煉製出“渡神丹”，千萬別做非分他想。
苗慕嵐苦言向慈禧太後勸告“渡神丹”不可能短期內煉製而成，若勉力煉製必會功敗垂成。
但慈禧聽不住勸，反而下了絕令，不但逼苗慕嵐必須在三個月之內帶領宮內所有禦醫煉出“渡神丹”，而且說此丹關係到清王朝之命運之走向，延續清皇室的曆史成敗在此一舉，警告他若煉不出來，必將抄家問斬！
苗慕嵐被慈禧嚴令嚇得魂飛魄散，當天便回去召集宮內所有禦醫開始了煉製，終於在三個月後向慈禧太後呈上了一粒日夜煉製而出的“渡神丹”。
誰知，在十一月的一天，他得到了光緒皇帝駕崩的消息，頓時跌坐在地撫頭大哭，最後不停地念叨著：“為什麼不聽勸，你為什麼不聽勸！如今丹毀人亡，丹毀人亡啊！”
當日，慈禧秘宣苗慕嵐進殿，但出奇地沒有治他死罪，而是讓他盡快製出下一粒“渡神丹”讓自己服食。
其實苗慕嵐之前早已煉製了兩粒“渡神丹”，一粒給了慈禧，一粒自己藏了起來。他明白不可為而為之，固執的慈禧必會與雍正、光緒一樣，最終服食“渡神丹”後暴斃而亡！而且慈禧一旦知道自己命不久矣，必會命人殺了他的全家。
夜晚，他把藏著的那粒“渡神丹”偷偷拿出來置於桌上，留下了一封請辭書信，再次勸告慈禧太後萬不得已不要服食“渡神丹”。隨後，他便冒著危險攜帶家小潛逃出了皇宮。
他以為行事小心隱秘，可沒想到的是，全家人走到半路上卻遭到了一群頑匪的劫殺。
他為了保護家人，仗著有些武藝，便抽出隨身佩帶的殘刀與劫匪打鬥起來。奈何最終寡不敵眾，他被逼跳崖。
他在崖下掛住了樹枝，終於死裏逃生，可返回一看，他的全家老小十七口人全都慘死在了劫匪的刀下，那些劫匪竟連他剛滿五歲的兒子都不放過。
後來他得知，慈禧太後繼光緒帝死後的第二天便告駕崩。他知道慈禧一定是沒聽他的勸告，擅自服食了“渡神丹”後身亡的。哀歎之餘，他麵向京都重重磕了三個響頭，以報答慈禧太後和光緒皇帝的知遇之恩。