秦朝的司法機關有王國中樞和地方兩級：
（1）廷衛是秦朝中央最高司法機關，位列九卿之一。其職責是審理皇帝詔令審理的案件，以及地方上訴案件和複審郡縣不能裁斷的疑難案件。重大案件須經皇帝裁決，才能定案。皇帝實際掌握著最高司法權。
（2）地方行政長官郡守縣令兼理司法，自行審斷轄區內的一般案件，重大疑難案件要報送中央廷衛審理。縣以下的基層組織鄉、亭、裏，也有一定司法權。
秦律規定的主要犯罪行為有：1、危害皇權罪，也就是謀反或汙蔑君王、王室。2、侵犯財產和人身罪，盜竊、詐騙、傷害及殺人。3、官員瀆職罪。4、妨害社會管理秩序罪。包括私自賣酒給秦國本地人、未成年人，逃避徭役賦稅、擾亂治安等等。5、破壞婚姻家庭秩序罪。夫毆妻、通奸、妻私逃、擅殺子、子不孝、子女控告父母、卑幼毆尊長、亂倫等等，秦律禁止殺子，特別是禁止殺嗣子。秦律對家庭內部亂倫行為的懲罰同樣十分嚴厲，比如《法律答問》中說：“同母異父相與奸，何論？棄市。”
秦律規定的刑罰主要包括8大類——笞刑、徒刑、流放刑、肉刑、死刑、羞辱刑、經濟刑、株連刑；
(1)笞刑。笞刑是以竹、木板責打犯人背部或臀部的輕刑，是秦代經常使用的一種刑罰方法，秦簡中有“笞十”、“笞五十”、“笞一百”等多種等級，大多針對輕微犯罪而設，也有的是作為減刑後的刑罰。
(2)徒刑。徒刑即剝奪罪犯人身自由，強製其服勞役的刑罰。主要包括以下幾種：城旦舂（男犯築城，女犯舂米）、鬼薪、白粲（男犯為祠祀鬼神伐薪，女犯為祠祀擇米）、隸臣妾，（將罪犯及其家屬罰為官奴脾，男為隸臣，女為隸妾）、司寇（意為伺察寇盜）、候（發往邊地充當斥候）。
3、流放刑。包括遷刑和謫刑，都是將犯人遷往邊遠地區的刑罰，其中謫刑適用於犯罪的官吏，但兩者都比後世的流刑要輕。
4、肉刑。即黥(或墨)、劓、刖(或斬趾)、宮四種殘害肢體的刑罰，它們源於奴隸製時代，在秦時不僅沿用，且十分廣泛。從雲夢秦簡來看，秦的肉刑大多與城旦舂等較重的徒刑結合使用。
5、死刑。秦代的死刑執行方法很多，主要有：
1）棄市，即所謂殺之於市，與眾棄之；
2）戮，即先對犯人使用痛苦難堪的羞辱刑，然後斬殺；
3）磔，即裂其肢體而殺之；
4）腰斬；
5）車裂；
6）阮，即活埋；
7）定殺，即將患疾疫的罪人拋入水中或生埋處死；
8)嫋首，即處死後懸其首級於木上；
9)族刑，通常稱為夷三族或滅三族；
曆朝曆代，最狠的刑罰莫過於“夷三族”，“三族”是指父、子、孫。也有說是指父族、母族、妻族。秦代的被判處”誅三族“的主犯，一般會“具五刑”：即先在額頭上刺字；再依次.剜掉鼻子；.割掉手指腳趾；亂棍打死或腰斬，將死屍的頭割掉；最後剁成肉醬。《漢書、刑法誌》所說：“當夷三族者，皆先黥、劓、斬左右趾，笞殺之，嫋其首，菹其骨肉於市。其誹謗詈詛者，又先斷舌，故謂之具五刑。”
6、羞辱刑。指剃光犯人的頭發和胡須、鬢或懲罰女犯的裸體示眾。
7、經濟刑。秦律中對輕微罪適用的強製繳納一定財物的刑罰主要是“貲”，