不過德川幕府損失的大與小，與他們鄭家又有什麼關係呢，他們巴不得德川幕府損失的越大越好，損失越大，德川幕府就越需要各國的商人帶來的資源為幕府充血，這樣他們隻會賺的更多。
事實證明，鄭芝龍猜得沒錯，德川幕府的確已經對方雲非常不滿了。
為了限製其他日本大名的實力，早在1616年，第二代將軍德川秀忠便采取了一係列措施，比如規定一切外國船隻均不得在大名領地通商，隻能在長崎和平戶從事貿易活動。
同時，還加強了對朱印船貿易的管製，禁止西部大名擁有載重500石以上的大船，朱印狀隻發給與將軍關係密切的京都一些少數豪商。
即使這樣，西部一些大名仍然在私下與西方商人經商，以求壯大經濟實力，得到先進武器，幕府非常不安。
第三代將軍也就是當代德川幕府將軍德川家光上台後，當年便下令禁止西班牙船隻來日本。緊接著，德川幕府連續數次頒布了“鎖國令”。
鎖國令的主要內容是：禁止日本船出海貿易和日本人與海外往來，偷渡者要處以死刑；取締葡萄牙和西班牙的傳教士在日本的傳教活動，對潛入日本的傳教士應該予以告發和逮捕，以防止天主教在日本的蔓延；對駛抵日本的外國船隻實行嚴密的監視，貿易活動也由幕府進行嚴格的管製。
這三套組合拳打下來，日本的“鎖國體製”最終確立起來。
後來德川幕府還下令斷絕同葡萄牙的貿易往來。而在這之前，英國商人因同荷蘭人的競爭中失敗，在1623年自動撤出了日本。
所以現在可以在日本正常貿易商人隻有荷蘭和大明兩國的商人。
荷蘭的商人被允許通商日本，是因為荷蘭是一個新教國家，沒有在日本進行傳教活動，得到了幕府的讚許，而且荷蘭商人還曾經支持幕府對農民起義的鎮壓。
因此，幕府特許同荷蘭進行貿易活動。大明則是日本傳統的對外貿易國家，除了大明之外，原朝鮮的商人也是被允許，所以在朝鮮被破虜軍占領後，方雲才能順利地將商品從朝鮮運往日本。
即便如此，荷蘭、大明同日本的貿易活動也受到嚴格的管製，並且隻能在長崎一地進行貿易。因為長崎是幕府將軍的直屬領地，易於管製。因此杜絕其他藩國的大名通過對外貿易獲取的巨大利益發展壯大。
方雲這樣毫無顧忌地在日本各個大名之間出售商品，不僅無視幕府下達的政令，還威脅到了德川幕府對日本的統治，長此以往下去，日本怕是很快又要迎來一個戰國時代了，德川家光豈能坐得住。
但是德川家光也有顧忌啊，他不知道這是方雲個人的意思還是大明朝廷的意思。雖然朝鮮人早已經將萬曆年間，大明出兵幫助朝鮮擊敗日本侵略朝鮮之戰忘得一幹二淨，但是德川家光卻不敢無視這段曆史。
豐臣秀吉的能力多強，從一個下級士兵做起，成為織田信長實質的接班人，最後還結束了一個半世紀的日本戰國時代，完成了日本統一大業，是到目前為止，日本曆史上權利最大的男人。
可就是因為一場入侵朝鮮之戰，引來大明這個強大的對手，直接把豐臣秀吉給耗死了，同時日本的損失慘重，尤其是豐臣家的軍事實力暴跌。
也正是因為有了這場戰爭，才給了他們德川家崛起的機會，才會有現在的德川幕府，德川家光可不想走豐臣秀吉的老路。