米爾豪森時期
於是我來到米爾豪森（Muhlhausen），以一曲管風琴演奏輕鬆戰勝了九個競爭者，以前所未有的高薪得到了聖布拉休斯（St. Blasius）教堂管風琴師的職位。可以說，是重演了一年前在阿恩施塔特的輝煌。回到阿恩施塔特，我迎娶了那個成為我罪狀之一的唱詩班“陌生女郎”，帶著她到米爾豪森落戶。一年後，同樣的失望又上演了。米爾豪森對我這個外鄉人百般刁難、排斥，而且教會內部的爭鬥也讓我頭暈眼花，我待不下去了。這次，我決定不再接受教會的任職，而是轉向宮廷。
魏瑪時期
二十三歲的我又一次來到了魏瑪。在和魏瑪宮廷的主人威廉·恩斯特（Wilhelm Ernst）公爵眼光對視的時候，我就明白了眼前的這位雇主是多麼的熱愛音樂，多麼的需要我在他小教堂的管風琴上奏出宗教的神聖，在他的宮廷樂隊中創作、演奏出充滿世俗歡樂的樂曲。我終於找到了精神的真正歸宿，一待就是十五年。
這裏，是我坎坷人生的第一個平靜的港灣。我美麗的妻子為我生了七個兒子，其中就有兩個我音樂事業的繼承人威廉·弗裏德曼（Wilhelm Friedemann，1710）和卡爾·菲利普·艾曼紐爾（Carl Philipp Emanuel，1714）。在這裏，為了教育自己的孩子們，我寫下了著名的《小管風琴作品集》，四十六首讚美詩旋律的前奏曲，幫助管風琴的初學者了解各種聖詩風格，掌握複雜的踏板技術。
科滕時期
十五年後，新公爵、年輕的恩斯特·奧古斯特（Ernst August）有些不把我放在眼裏了。此地不留爺，自有留爺處。作為全德國最著名的管風琴大師，我是不怕沒有地方落腳的。科滕著名的音樂讚助人、二十三歲的利奧波德王子自己也是一位音樂家和演奏家，對我仰慕已久，我決定到他府上任職。沒想到這前後兩位雇主既是親戚，又是仇人，我的辭職讓舊主魏瑪公爵惱羞成怒，竟然把我投入牢獄一個月。
三十二歲的我最終還是來到了科滕王府。王子的府上沒有合唱團，卻有一支十五人的小樂隊。王子遊曆意大利時，對意大利高品質的樂器情有獨鍾，我發現他的樂隊有一流的樂器配置，這些條件使我對協奏曲的創作產生了很大的興趣。1721年，我寫了著名的《勃蘭登堡協奏曲》。在這部曲集中，我用六種截然不同的樂器配置創作了六首協奏曲，是一種十分大膽和有趣的嚐試。
利奧波德王子是我所有雇主之中最寬厚的一位。他真摯的友誼使我的創作充滿了靈感。我在此期間創作的《十二平均律第一集》被後人（馮·彪羅）譽為鍵盤樂器的舊約聖經。但好景不長，1720年，在和王子出遊期間，我的妻子病逝了。這是我人生中最大的一個打擊，我一蹶不振，沉寂了整整一年，直到二十一歲的安娜·瑪格德琳娜再次點燃我的生命。她溫柔、美麗、賢惠，願意和我一起撫養前妻留下的七個孩子，又為我生了十三個孩子。不久，利奧波德王子也結婚了，新娘不喜愛音樂，所以，我又要走了。
萊比錫時期
三十八歲，我來到了人生的第二個歸宿，也是我的終點萊比錫。從此，我又回到了上帝的家園——教會，擔任萊比錫聖樂樂團的樂長和聖托馬斯男聲合唱團的指揮。對知識、音樂、和宗教的總結和反思使我充滿了創作的鬥誌。獻給上帝的《B小調彌撒》《馬太受難曲》和獻給世人的《十二平均律第二集》《賦格的藝術》都是登峰造極的作品。1747年，我的二兒子卡爾·菲利普·艾曼紐爾的雇主、普魯士國王弗雷德裏克盛情邀請我到波茨坦（Potsdam）的宮殿演奏。還沒開始演奏，國王就反複地讚歎我為“絕無僅有的巴赫”。我請國王賜予一個主題即興創作賦格曲一首，並在第二年加以整理和發展，寫出了一冊曲集《音樂的奉獻》。
小時候對音樂的熱愛讓我在晚年雙目失明。我的身體雖然在忍受煎熬，但我的精神與上帝同在。是音樂，讓我永生。