難題之一：政策不明確
由於中央對公車管理製度改革缺乏明確的指導意見和操作原則，使得長期以來公車改革隻是在少數部門、少數地區自發並分散地進行。這種狀況導致一些地區和部門的車改模式、適用範圍、公車管理、補貼標準等存在較大的差異性；給國家對公車統一監管造成了不便；對未進行公車貨幣化改革的地區和部門，會因為無政策可依或操作難度大而推遲或拒絕公車改革。
難題之二：補貼不均衡
由於公車貨幣化改革的補貼範圍、補貼標準和發放形式等缺乏政策依據，使得進行車改地區和部門的操作方案五花八門，給地區之間、部門之間對公務交通資源的分配和使用造成了不平衡。比如，實行車改的國務院有關部門的司局級公務員月補貼最高額隻有1200元，國家審計署的正司局級月補貼額隻有700元，而珠三角地區的縣處級幹部的月補貼額已高達3500元。特別是沒有參加車改的機要、執法等部門因得不到交通補貼容易心裏不平衡。也有個別地區因車改後福利化傾向嚴重而出現了新的分配不平衡。
難題之三：體製不配套
由於我國車改不是自上而下地進行，這種下邊車改上邊未改的狀況，出現了一些體製性的摩擦。
稅收問題 因公車屬於執行公務中的行政性消費，未進行車改的地區或部門，公車消費是免稅的，而車改後獲得貨幣化交通補貼的公務人員，因收入增加卻要交納個人收入調節稅，增加了車改後公務人員交通費支出成本。
公車指標配置問題 未進行車改的地區和部門公車報廢或重新購置，可以享受上級部門或財政撥付的公車配置指標及經費待遇，而車改後的地區和部門卻不再享有這些待遇。
價格補貼問題 在油價上漲時期，未進行車改的地區或部門，可以享受到政府的價格補貼，而車改後獲得貨幣化交通補貼的公務人員就得不到價格補貼。
工資津補貼科目限製問題 2007年我國規範公務員津補貼以來，因財政部門對各地區、各部門津補貼項目和額度等出台了限製性規定，致使未進行車改的地區和部門無法再操作貨幣化後的交通補貼項目，也致使車改後的地區和部門難以操作因經濟發展變化需要調整的交通補貼標準。
難題之四：車改不徹底
後果一：若一個地區或一個係統上下沒有同時進行車改，就會出現車改地區或部門向未車改地區或部門借車、攤派車輛、轉嫁交通費用開支等情況。某地已出現教育局長用車讓學校出錢出車的情況，將公車使用負擔轉嫁到基層。
後果二：由於有些地區和部門實行“部分車改”、“部分未車改”雙軌運行機製，便出現了一邊領交通補貼，一邊使用公車的現象。
後果三：一些經濟欠發達地區，因政府財力緊張，車改時不得不確定較低的交通補貼標準。同時，由於經濟欠發達地區私車普及率不高，致使車改後絕大多數公務員既買不起車，也養不起車，從而導致了因交通問題影響工作的現象發生，個別地方甚至出現了車改走回頭路的現象。