目前以軍擔任反恐任務的部隊有數十支，如總參偵察營、雅馬姆偵察隊、海軍第13突擊隊等等，其實以色列大部分特種部隊都承擔反恐任務。總的來說，以軍反恐部隊可分為三種類型，即反恐突擊部隊、反恐掩護部隊和反恐支援部隊。
1.反恐突擊部隊。以色列特種部隊專業反恐的主力，承擔大多數人質營救任務。其中，雅馬姆偵察隊負責以色列國內反恐任務，總參偵察營負責國外反恐，海軍第13突擊隊負責海上反恐，埃拉特偵察隊負責以色列埃拉特市轄區的反恐任務。而在特殊場所，如以色列邊境、港口、機場等，上述4支部隊都可能執行反恐任務，具體取決於國防部和以色列國防軍總參謀部的調遣。
2.反恐掩護部隊。負責反恐現場的安全警戒、搜集情報，第一時間趕赴現場，控製事態發展，等候反恐突擊部隊前來處理。隻有在緊急情況下，譬如恐怖分子開始槍殺人質，反恐掩護部隊才能發起攻擊。目前在以色列的三個軍區，即北方軍區、中央軍區和南方軍區，分別部署有反恐掩護部隊。北方軍區部署有戈蘭反恐掩護部隊，中央軍區部署有3支反恐掩護部隊，南方軍區部署有1支反恐掩護部隊。由於反恐掩護部隊和反恐突擊部隊在反恐任務中扮演不同的角色，因此人們通常把反恐掩護部隊稱為“外圈反恐部隊”，而反恐突擊部隊稱為“內圈反恐部隊”。
3.反恐支援部隊。主要負責對反恐突擊部隊和反恐掩護部隊進行反恐支援，編有軍犬連、情報小組、計算機專家組、爆炸物處理小組和電子幹擾組。軍犬連專門訓練軍犬對付恐怖分子。情報小組負責為反恐部隊提供情報支援。計算機專家組負責為反恐部隊製作反恐目標三維立體模型。電子幹擾組負責監聽事發現場的無線電通訊，必要時對恐怖分子通訊實施電子幹擾。
除此之外，以色列在反恐領域還大量使用的高科技裝備，如偵查、情報搜集、武器、特種車輛等的呢，這些裝備在反恐行動中均發揮了重要的作用。為了培養反恐領域的專業人才，以色列還成立了專門的反恐學校，以色列國防軍有一所反恐學校，即707部隊。該學校被視為以色列國防軍皇冠上的一顆明珠，也是外國政要來訪必定要指名參觀的一個經典景點。從它誕生之日起，就有無數慕名而來的外軍特種部隊隊員到此取經學習。
以上種種措施，使得以色列成為了世界反恐領域的強者。