許多共產黨員在撤離江西時，遭到親蔣分子的殺害，朱克靖知道朱培德心懷叵測，為防萬一，他派人將妻子肖仲之經九江送往武漢，然後自己化裝成一個貨郎，繞道湖南去武漢，向黨中央彙報江西的情況。後來，他對人憶及這段經曆時說：“我離開江西，經銅鼓進入湖南。路上，我買了一擔皮籮，裝成做生意的，回到醴陵東鄉溫泉的姐姐家。然後，又化裝成炭客子，從東鄉乘炭船到武漢。”經長沙時，已是“馬日事變”之後，湘江兩岸有許多荷槍實彈的軍警。朱克靖乘坐的船沒敢停靠，鼓起風帆，順流而下，闖過了檢查關。
7月15日，汪精衛控製下的武漢國民黨中央，也公開背叛了孫中山所製定的國共合作政策和反帝反封建綱領，與蔣介石合流，對共產黨員和革命群眾進行大屠殺。轟轟烈烈的大革命，受到了嚴重的挫折。為力挽狂瀾，中共中央決定了武裝反抗國民黨反動派的方針，在南昌舉行武裝起義，並且秘密派熟知情況的朱克靖回南昌，策動第三軍舊部參加起義。朱克靖到南昌後先找到了朱德，在第三軍軍官教導團和南昌市公安局內部埋下了革命的火種。
8月1日，在周恩來、賀龍、葉挺、朱德的領導下，國民革命軍第十一軍第二十四師、第四軍第二十五師和第二十軍所部3萬餘人，舉行了震撼全國的“南昌起義”。起義勝利後，部隊編為3個軍。朱克靖被任命為第九軍黨代表。不久，起義部隊撤離南昌，沿閩贛邊南下。10月，在廣東潮汕地區被國民黨重兵包圍，損失慘重。朱克靖突出重圍，與黨組織失去了聯係，孑身一人，開始了10年顛沛流離的生活。
十年艱難奔波 終於回到革命隊伍
南昌起義部隊在潮汕失敗後，朱克靖隻身潛入廣州，希望找到黨組織。然而，廣州經過“四一五”反革命政變後，往日轟轟烈烈的大革命氣象已蕩然無存，陷入一片白色恐怖之中。由於朱克靖曾在這裏進行過革命活動，認識的人較多，不能久留，他便混在人群中買了一張火車票，沿粵漢線北上，趕到武昌。當時武漢三鎮同樣籠罩著恐怖氣氛，反動派四處搜捕共產黨人。朱克靖找到妻子肖仲之後，馬上匆匆忙忙地攜帶家眷去了北平，暫在嶽母家避居。為躲避反動派的迫害，朱克靖隱名埋姓，租種了海澱區中關村附近的一個葡萄園，靠栽蔬菜、養兔子為生。他一麵自食其力，一麵努力尋訪黨組織。
大革命失敗後，共產黨轉入秘密活動，一時難以聯絡上，朱克靖焦急萬分。在生活的驅使下，他隻得改行，經人介紹，化名李有才，在北平附近的遵化縣任教。1932年，他遇上幼年時的同學羅征書（此時正在廣西師專做庶務），邀他到桂林教課。就這樣，朱克靖舉家遷到桂林，以李竹怡的化名，出現在廣西師專的講台上。
1934年間，白崇禧遊玩桂林時，有人悄悄地把朱克靖的情況告訴了白崇禧。白崇禧聽說朱克靖已脫離了共產黨，便做出一付禮賢下士的樣子，吩咐準備宴席，並派吉普車去接，想勸說朱克靖歸順自己。朱克靖知道來者不善，托辭推脫，後在同鄉好友程星齡的幫助下，全家逃離桂林，幾經輾轉，流落到長沙。此時，他已身無分文，迫於生活，隻得忍痛將三子秀麟送與長沙火車站職員楊世銘為嗣，然後，取道江西去投奔妻舅文群。
文群任過江西省財政廳長，此時兼辦豫鄂贛閩四省的農村合作事業。他平素極器重朱克靖，便請他來幫辦農村信貸事宜。朱克靖覺得這也能為農民辦些實事、解決些困難，便答應了下來。於是，他化名朱篤一，前往河南省農村合作委員會南陽辦事處任特派員。當時河南農業凋敝，農民生活貧困，朱克靖帶領幾個辦事員奔波於南陽行署所轄的13個縣，扶助農民購買耕牛、添置農具，開渠鑿井、興辦水利設施。
1937年7月，抗日戰爭全麵爆發。9月，國共兩黨共同公布“重新合作，一致抗日”的協定，陝北紅軍主力改編為八路軍，南方各省的紅軍遊擊隊也改編為新四軍。新四軍軍部在南昌市高升巷公開掛出了牌子。朱克靖經過10年的艱難奔波，終於找到了自己的隊伍，他極為振奮，對家裏的人說：“我要重歸戰場，請纓殺敵。”他把妻子肖仲之和兒女送回醴陵家鄉安置，並委托友人說：“如有機會，請把我的家屬轉移到延安去。”安排好這一切，他便急切地奔往南昌，投身抗戰行伍。
“仲連智免蹈東海 武穆冤成走傳書”
朱克靖趕到南昌，就像久離娘親的遊子，終於回到了母親——黨的懷抱。當時，國民黨江西省政府主席熊式輝聞知朱克靖要去新四軍工作，便以“敘舊”為幌子，把他請到自己家裏，提出要聘請他擔任江西省政府秘書長的職務。麵對高官厚祿，朱克靖隻淡淡地說了一句“我願在新四軍與抗日將士們一起吃苦”，便起身告辭了。而在黨組織征求他安排職務的意見時，朱克靖卻說：“無論分配我做什麼工作都行，隻要對抗戰有益。”
葉挺對朱克靖十分尊重，提議要留他在軍部工作。1938年1月6日，新四軍正式在南昌編成，葉挺、項英分任正副軍長，張雲逸、周子昆分任正副參謀長，袁國平、鄧子恢分任政治部正副主任，43歲的朱克靖任軍政治部顧問兼直屬戰地服務團團長。
戰地服務團直屬政治部領導，專門負責宣傳、民運工作，其成員大多數是從上海、南京、武漢等地來的愛國青年，有新聞工作者，也有作家，但比重最大的是大學生和中學生，分成戲劇、繪畫、歌詠、通訊、民運等幾個大組，其中，民運組人數最多。朱克靖對服務團的創建和發展花費了很大的心血。開始時，服務團的男青年大都西裝革履，女青年則燙發旗袍，比較自由散漫，因此也受到一些批評。但是，朱克靖看到了他們的血氣方剛，覺得他們離開大城市投奔新四軍，有很高的抗日熱情，而且很多人有一技之長，他便加以正確的引導，幫助他們克服“嬌”、“驕”二氣，與抗日軍民生活在一起。戰地服務團成立了一個劇社，朱克靖帶著這批青年跋山涉水，到各抗日民主根據地演出，有時還把《鬆花江上》、《放下你的鞭子》等劇目送到前沿陣地。不到一年時間，他們行程2萬裏，足跡踏遍蘇、浙、皖、贛4省，有效地宣傳了共產黨和新四軍的抗日主張。
1940年6月，國民黨江蘇省政府主席韓德勤受蔣介石指使，企圖阻擋新四軍向江北發展，拉攏泰州地方實力派、魯蘇皖邊遊擊總指揮部的正副總指揮李明揚、李長江，阻擊新四軍。因為李明揚在北伐時是國民革命軍第三軍的舊部，中共中央東南分局考慮到朱克靖在大革命時期的地位和影響，委任他擔任新四軍聯絡部長，負責統戰方麵的工作。陳毅為了爭取二李，避免內戰，特致書朱克靖，邀他從江南趕來，赴泰州談判。陳毅為朱克靖的泰州之行，曾寫下了《送人赴泰州談判抗日合作》的詩句：
停驂問我意何如？
詞婉情真再致書。
軍令今當斬馬謖，
歧途何事泣楊朱？
仲連智免蹈東海，
武穆冤成走傳書。
憑君寄語強梁輩，
摩擦自戕慎厥初。
朱克靖輕騎入泰州，對二李曉以民族大義，陳述了“兄弟鬩於牆，共禦其侮”的道理，並揭露了蔣介石等頑固派借刀殺人，削弱抗日國防力量的陰謀。二李深為所動，不願與共產黨打內戰，同意讓開一條通道。陳毅率部順利地通過了他們的防區，建立了以黃橋為中心的蘇中抗日民主根據地，使之成為嵌在敵偽心髒的前沿陣地。
朱克靖在爭取開明士紳、社會賢達方麵也做了很多工作。當時蘇北有名的大文豪韓紫石，就是經朱克靖聯係爭取過來的。
但是，韓德勤忠實地秉承蔣介石的反共政策，充當了國民黨在抗戰時期發動的第二次反共高潮的急先鋒。他把進攻目標首先指向江北新四軍，還邀約二李配合，企圖攻占黃橋。因此，繼續爭取二李保持中立，對於改變戰場力量對比有重要意義。陳毅派朱克靖繼續坐鎮泰州，與二李談判。談判中，朱克靖發現二李動搖不定的原因，是懼怕韓德勤人多勢眾，同時又懷疑新四軍立足不穩。因此，朱克靖便對二李詳細地分析了蘇皖地區的各種政治力量，著重指出新四軍雖然人少槍少，但努力抗戰，眾望所歸，如此正義之師必操勝券。經促膝交談，二李繼續與新四軍保持了統一戰線關係，並允許江南新四軍通過自己的防區增援黃橋，抵抗韓德勤部隊的進攻。