其提案指出，煤層氣開發占有使用當地資源，對地方財政的貢獻率微乎其微，免稅政策實施近10年，地方收益缺失十分明顯。同時，對煤層氣開采導致的後續治理所需財力缺口較大。
薛延忠等人在提案中表示，石油天然氣按6%的資源稅征收，而對成分、用途等屬於同類的煤層氣實行暫不征收資源稅的政策，有失公平。此外，煤炭資源稅實行從量計征，卻對煤層氣實行免稅，不利於煤炭和煤層氣同步開發、綜合利用。
孫茂遠以及《能源》記者采訪的其他人士均對這一提案強烈反對，他們認為，煤層氣目前靠0.2元/立方米的補貼尚不能盈利，如果征收資源稅，會嚴重打擊煤層氣企業的積極性，對產業造成較大傷害。
除了征稅的隱憂，煤層氣企業與煤企、傳統油氣企業之間的利益博弈仍未理清頭緒。
上述不願具名的業內人士抱怨說，因為煤企是山西的支柱企業，政府部門一般都會更支持煤企。山西的一些煤企侵占煤層氣公司的區塊資源，偷偷開采煤層氣，相關部門卻睜一隻眼閉一隻眼，讓煤層氣企業蒙受損失。而且這些年情況一直沒有改善。
另一方麵，煤企和煤層氣企業對采氣權的爭奪也一直“生生不息”。一些煤炭企業擁有大量區塊，沒有抽采煤層氣能力，但也不願意讓利給煤層氣企業去開發。
比起與煤企的利益爭奪，油氣企業在礦權上對煤層氣企業的影響也不小。有業內人士不滿地說，與中石油和中石化擁有的礦權區塊相比，煤層氣企業擁有的麵積少得可憐，一些被兩大油企圈占的區塊即使富含資質較好的煤層氣也缺乏足夠的勘探開發。
“十三五”進入拐點？
如果煤層氣產業的助力大於阻力，那麼“十三五”時期將是該產業走出低迷，拐入成熟商業開發階段的時期。
不少業內人士對此是看好的。從美國經驗來看，在強力的政策支持下，其年產量30億方到250億方，隻用了6年時間；2006年至2012年，我國的地麵煤層氣產量就從1.3億立方米增至25.73億立方米，發展速度不比美國慢。而且盡管我國的煤層氣開發技術難度比美國大，但是我國的經濟可采儲量有2700億立方米，不比美國低。因此，從資源底子上來看，我國的煤層氣產業有進入成熟商業開發階段的潛力。
孫茂遠說，展望“十三五”，煤層氣產業的困難仍有不少，但隻要支持政策到位，企業加快科技研發，相信產業就可以走出低潮期，完成規劃目標還是有希望的。今年雖然不能完成“十二五”的目標，但預計產量同比會有較大的增長，全年產量有望達到185—200億立方米。
孫茂遠認為，煤層氣產業初步達到商業化成熟開發階段的標誌是產量達到400億立方米；形成完全成熟的煤層氣產業時，產量目標要達到600億～900億立方米。如果“十三五”末產量達到400億立方米，那麼我國煤層氣產業就正式進入成熟商業化開發階段。
對煤層氣產業未來發展來說，還有一個利好因素是：煤層氣的下遊利用終端建設相比之前已大為改善。如今，山西省內四縱四橫的管道係統已基本建成，西氣東輸管道也已與煤層氣產地相連通，煤層氣作為LNG加注站原料的渠道也已暢通等等，現在消化100億立方米的地麵抽采煤層氣是沒有問題的。
如果“十三五”期間煤層氣產量能夠達到400億立方米，那麼整個產業可有望走上更加市場化的道路，這也是行業可持續發展的方向。
另一方麵，由於煤炭市場持續低迷，煤企也開始將眼光更多地投向了煤層氣。今年2月中旬，晉煤集團與同煤集團、焦煤集團等六家山西省屬大型煤炭企業就山西省煤礦區煤層氣抽采達成了合作框架，促進煤企對煤層氣的有效開發和利用。
不過，仍有一些企業對煤層氣“十三五”的前景悲觀。山西一位不願具名的煤層氣企業負責人對媒體表示，出於煤層氣開采成本大、風險高以及投入產出不理想等多重因素考慮，2015年公司計劃縮減煤層氣開采投資資本。目前情況下，預計“十三五”產量目標的實現有較大難度。