但這種愉快的合作局麵並沒有維持多久，這個研究小組就因為內部矛盾而名存實亡。盡管榮格被弗洛伊德視為自己的繼承者，但榮格和阿德勒等人卻與弗洛伊德的理念存在很大的分歧。他們在弗洛伊德的理論之外發展起自己的理論學說，這使弗洛伊德難以理解和接受。1911年，阿德勒離開了研究小組，創立了個體心理學。1914年，榮格與弗洛伊德決裂，創立了分析心理學。
1904年，弗洛伊德出版了《日常生活中的心理病理學》一書，探討了種種有缺陷的心理作用。這可以說是他流傳最廣的著作。
1905年，他先後發表了《多拉的分析》《玩笑及其與無意識的關係》和《性學三論》三本重要著作。其中，《性學三論》一書因他表達了嬰兒期性欲以及其與性顛倒和神經症之間關係的觀點，致使他受盡了心理學、醫學界的嘲諷，甚至有很多人將弗洛伊德視為一個淫穢念頭充斥大腦的下流胚子。一些醫學機構還聯合起來，共同抵製和抨擊弗洛伊德的研究理論，一時之間，他成了德國科學界最不受歡迎的學者。
但真理永遠不會被掩埋在無知的土壤中。1909年，弗洛伊德應美國克拉克大學校長G.S.霍爾的邀請，到美國參加該校的20年校慶。弗洛伊德被校方授予名譽博士學位，並和美國心理學界的詹姆斯、卡特爾等中流砥柱會晤，這意味著弗洛伊德的精神分析學說贏得了國際社會的認可。
1913 年，弗洛伊德出版《圖騰與禁忌》一書，提出了著名的“三大真理”：夢是無意識欲望和兒時欲望的偽裝的滿足；俄狄浦斯情結是人類通有的心理情結；兒童具有性愛意識和動機。這夯實了他的精神分析理論基礎，成為重要性僅次於《夢的解析》的理論著作。
1919年，弗洛伊德為了更好地宣傳精神分析理論，專門創辦了一家國際性的出版公司，以出版發行這方麵的書籍和雜誌。他的威望也在這一時期達到了頂峰。
1920年，弗洛伊德的一個女兒不幸早逝，與此同時，他還對自己的兩個參與戰爭的兒子充滿了死亡的擔憂。於是，他就在這一年創立了死本能理論。
1923年，他被診斷出患了口腔癌，這都是因為他嗜煙如命的習慣所致。在1923－1939年期間，他先後接受了33次手術，得以使他的生命延續下去。即使病痛和拒絕使用止痛藥使他飽受折磨，但他並未因此而停止為病人診療和著述。
1933年，納粹上台執政後開始大肆焚燒弗洛伊德的作品，並宣稱他誇大性問題來毀滅靈魂。1938年，維也納被納粹占領，弗洛伊德的出版公司被納粹查封，但對維也納的迷戀使他始終不願離開此地。不久後，他的女兒安娜·弗洛伊德被捕，在猶太人大屠殺的恐怖中，他隻得前往倫敦避難。
1939年9月23日，弗洛伊德於倫敦病逝。