這件事情發生時皇帝李淵正在宮內的海池上劃船，李世民讓尉遲恭入宮擔任警衛。尉遲恭身披鎧甲，手握長予，徑直來到高祖所在的船上。皇帝李淵大驚，問道：“今日作亂的人是誰？愛卿到此做什麼？”尉遲恭回答道：“秦王因為太子和齊王作亂，起兵誅殺了他們。秦王殿下擔心驚動陛下，故派臣擔任警衛。”皇帝李淵對裴寂等人說：“不料今天竟然會出現這種事情，你們認為應當怎麼辦呢？”蕭瑀和陳叔達說：“建成與元吉本來就沒有參與舉義兵反抗隋朝的謀略，又沒有為天下立下功勞。他們嫉妒秦王功勞大，威望高，便一起策劃奸邪的陰謀。現在，秦王已經聲討並誅殺了他們，秦王功蓋宇宙，天下歸心，陛下如果能夠決定立他為太子，將國家大事委托於他，就不會再生事端了。”皇帝李淵說：“好！這正是我素來的心願啊。”當時，宿衛軍和秦王府的兵馬與東宮和齊王府的親信交戰還沒有停止，尉遲恭請求皇帝李淵頒布親筆敕令，命令各軍一律接受秦王的處置，皇帝李淵聽從了他的建議。天策府司馬宇文士及從東上閣門出來宣布敕令，眾人便這樣安定下來了。皇帝李淵又讓黃門侍郎裴寂前往東宮開導原李建成麾下的諸將士，將士們便都棄職而散。於是，皇帝李淵召世民前來，撫慰他說：“近些日子以來，我幾乎產生了投杼的疑惑。”世民跪了下來，伏在父皇的胸前，號啕大哭良久。
李建成的兒子安陸王李承道、河東王李承德、武安王李承訓、汝南王李承明、钜鹿王李承義，李元吉的兒子梁郡王李承業、漁陽王李承鸞、普安王李承獎、江夏王李承裕、義陽王李承度等幼兒都被殘忍殺害，還在宗室的名冊上刪除他們的名字。傳說李世民恐懼兄弟的鬼魂前來索命，於是派尉遲恭與秦瓊擔任門前守衛，但後來因兩人年老，無法長期擔任，隻好轉繪製兩人的畫像掛在門口，成為後世門神的由來。
原東宮和齊王府的女眷則全部沒入宮中，後來成為李世民的後宮組成部分，其中較著名的是原來李元吉的妻子楊氏，李元吉死後被李世民納為妾，但沒有正式封號，是長孫皇後去世以後唯一一個生下子女的嬪妃。
秦王府諸將領準備將李建成和李元吉的一百多名親信全部誅殺，並將他們的家產沒收官府，尉遲恭再三爭辯說：“罪孽都是兩個元凶所犯，而他們已經伏誅了，倘若還要牽連他們的黨羽，就不是謀求安定的做法了！”於是諸將領停止了追殺。當天，皇帝李淵頒布詔書赦天下，叛逆的罪名隻加給李建成和李元吉二人，對其餘的黨羽，一概不加追究。僧人、尼姑和男女道士都應當依照原先頒布的詔令處理。國家的各項事務，都任憑秦王處置。
626年7月5日，皇帝李淵立秦王李世民為皇太子，又頒布詔書：“從今天起，軍隊和國家的各項事務，無論大小，全部委托太子處理和決定，然後再報告給朕。”
這個時候的皇帝李淵更加感到恐懼害怕，這個李世民看來已經迫不及待了。他的目的很明顯就是衝著大唐的皇位而來的。
李世民當上太子的第一天，即武德九年六月初五辛酉日（公元626年7月3日），馮立和謝叔方都自動出來負罪。薛萬徹躲起來以後，李世民多次讓人明示他，於是他也出來了。李世民感慨地說：“這些人都能夠忠於自己所事奉的人，是義士啊”！便赦免了他們。