“阿特拉卡特”快反步兵營由8個步兵連組成，8個連中有4個步兵連隨時保持臨戰部署狀態。
獵人步兵營
在美國幫助薩爾瓦多組建“阿特拉卡特”快反步兵營的同時，委內瑞拉也向薩爾瓦多派出了軍事顧問，以委內瑞拉的獵人步兵營為範本，幫助薩爾瓦多訓練14個獵人步兵營，主要任務是搜索、殲滅遊擊隊。當發現遊擊隊據點後，薩爾瓦多陸軍首先派出“阿特拉卡特”快反步兵營進行攻擊，隨後派獵人步兵營進駐，並以營地為中心對零散遊擊隊隊員實施追獵行動。
獵人步兵營雖然號稱步兵營，實際上卻隻有加強連規模，編製員額250人，主要配發輕武器。
不過，當獵人步兵營投入戰鬥時，反政府遊擊隊已經能夠發動營級規模的攻擊行動，因此隻有加強連規模的輕裝獵人步兵營反倒由“獵人”變成了遊擊隊的“獵物”。為此，薩爾瓦多最高司令部對獵人步兵營進行了重組，將其編為平叛步兵營（COIN）和反恐步兵營（BIAT），編製員額分別為350人和450人。不過這些部隊一直未能達到“阿特拉卡特”快反步兵營那樣的精銳作戰能力，其機動作戰能力也遠遠低於預期。
其他特種作戰單位
除上述特種部隊外，薩爾瓦多陸軍各部隊也配有特種作戰單位，一般負責地區的安全警衛或特種作戰任務，如軍事分遣隊負責保衛總統最高司令部和聯合參謀部的國家衛隊突擊隊、陸軍騎兵團負責本團駐地和阿特拉卡特（Atlacatl）營駐地安全的偵察突擊連。
另外，第一軍事分遣隊（駐地查拉特南戈）下設被稱作北方特種部隊連的特戰部隊。第二軍事分遣隊則下轄一個特種作戰排和一個偵察排。第三軍事分遣隊配屬了一個排的蒙特羅薩突擊隊和一個特種作戰排。第四軍事分遣隊則配屬了一個連的蒙特羅薩突擊隊隊員，該單位的許多軍官和士官都在其他拉美國家的特種部隊接受過訓練，如哥倫比亞的蘭瑟羅斯特種部隊學校等。第五軍事分遣隊（駐地古斯卡特蘭）則擁有一支小隊規模的特種部隊群和一個偵察排。
陸軍第一步兵旅（駐地聖薩爾瓦多）、第二步兵旅（駐地聖安娜）、第四步兵旅（駐地查拉特南戈）和第六步兵旅（駐地烏蘇盧坦）均設有一支特種作戰連和一個偵察排，主要執行駐地的反暴亂和情報收集任務。第三步兵旅（駐地聖米蓋爾）下轄一支名為“忍者”的特種作戰排，同時該旅還擁有一支名為蒙特羅薩突擊隊的特種作戰部隊，執行地方特種作戰任務，其名稱主要為是為了紀念死於內戰的陸軍戰術專家多明戈·蒙特羅薩上校。第五步兵旅（駐地聖維森特）擁有一個安全反恐特種作戰連（FOSAT）。
海軍特種部隊
薩爾瓦多內戰初期，遊擊隊常常在政府軍力薄弱的沿海地區活動而未受到任何打擊。因此，在1980年代初期，薩爾瓦多政府邀請美國海豹突擊隊和海軍陸戰隊為其訓練特種作戰力量，接受訓練的是薩爾瓦多海軍第一步兵連。1981年10月，海軍第一步兵連編製為40人，到1982年1月，該單位編製增加至120人。一年之後，該單位更名為海軍突擊隊（連級規模），並建立了一所突擊隊學校。
1984年6月，薩爾瓦多海軍又組建了一支規模更大的特種部隊營，由380名特種作戰隊員組成，該營下轄一支安全警戒隊、一支炮艇巡邏隊以及兩支作為主要作戰力量的連級規模的“食人魚與梭魚”突擊隊。
1992年，根據薩爾瓦多《和平協議》，對兵力進行壓縮重組。在這輪大裁軍過程中，上述許多特種作戰單位也隨之解散，少數保留下來的則進行了一元化整編，統一由特種部隊司令部管理。目前特種部隊司令部下轄空降營、特種部隊群（包括原陸軍遠程偵察連、“短斧”突擊隊及原海軍突擊隊）、反恐突擊隊（CEAT）精英單位。
如今，特種部隊司令部在輕武器裝備方麵已經較為完備，但目前依然缺少裝甲指揮車、防空和中遠程反裝甲武器等重型武器裝備。