在孫傳庭、高弘圖、史可法等人的大力支持下，各項改革得以順利進行。
內閣的權力再次被擴大，皇權被極大削弱，君主立憲製開始出現雛形。小皇帝朱慈炯差不多成了大明帝國的象征，朝事上他隻有過問的權力，失去了大部分的決策權。
因為曹越和朱媺娖這些年的言傳身教，朱慈炯知道這個趨勢不可避免，也沒辦法抗爭，隻能接受。
孫傳庭以年齡和身體原因請辭致仕，由高弘圖接任。跟隨曹越幾年，高弘圖的世界觀認識已經有了徹底的改變，他充分認識曹越的胸襟和遠見，在萬分敬佩曹越的同時，也更加兢兢業業做事。如今的高弘圖，已經差不多忘記了自己歸附曹越是因為有把柄捏在對方手裏，現在的他，是心甘情願做這一切，為國謀利，為民做事，為了時代進步貢獻自己的才智。
高弘圖在國破時候，都在把賦稅及支出的事打理的井井有條，再加在這幾年習性的轉變，名望的增高，又是曹越的“粉絲”及改革的鐵杆支持者，被扶到內閣首輔之位是名正言順的事。
馬士英、錢謙益因為見識上並不出眾，而且他年歲也大了，被免去了實職，隻任地位很高，但沒實權的虛職。史可法、顧炎武、左懋第被授以次輔之職，他們與高弘圖一道，主理大明政事。
六部依然保留，歸屬於內閣之下，隻不過各部之下加了很多司局，這是曹越根據後世時候情況，新設一些必須的部門。
兵部職權調整，完全類似後世時候的國防部，尚書由鄭芝龍擔任。
戶部尚書由顧炎武兼任，年輕的張蒼水以戶部左侍郎身份主持戶部事務，其職權得到擴大，後世時候的財政部、發改委、民政部、農業部、人民銀行等部委的職權都歸屬戶部，相應地在戶部之下設立了這些司局，擔任司局主管的都是曹越親自挑選、富有遠見，有超前改革意識的官員。
禮部集後世時候外交部、文化部、教育部等職權，由瞿式耜任尚書職。
工部的職權集中了後世時候的工信部、科技部、住建部、交通部等功能，也是六部裏麵機構最複雜的部委，所有官員加起來超過了其他六部，大明皇家科學院也是其下一個重要部委。在曹越心中，這位部委代表了大明科學技術的發展力水平，尚書之職也極其重要，最後這個要職落到了大明最有聲望的科學家宋應星的頭上。
而那些原本在科學院任職的能人，也相應地擔任了一些重要部門的職務，一些西洋人也在工部中任職。曹越希望，在他的傾力支持下，大明的科技水平能盡快提高，正式進入工業時代。
公、檢、法等職權自然歸屬於刑部，瞿式耜的弟子張同敞任此要職。
吏部的職能與原先並無多大差別，隻不過尚書的地位有所下降，尚書之職由名臣何騰蛟擔任。
軍事方麵，曹越成立了一個軍事委員會，主管全國的軍務。由他擔任軍事委員會主任之職，曹變蛟、黃得功、李定國任副職，下轄聯合參謀部，分別由曹傑擔任總參謀長，劉文秀、劉良佐、紅娘子任副職；政工部，高傑任主任；後勤保障部由原本曹越的家將曹能擔任；裝備技術部由方以智負責；訓練部和動員部的主官也是曹越親自選定的，一個是家將曹前，一個是歸降的原“大順”將領李過。
另外還有大明皇家軍事學院也歸屬軍事委員會掌管，曹越親自擔任皇家軍事學院院長之職，小皇帝朱慈炯擔任名譽院長。軍事委員會規定，高級將領必須到軍事學院進修，學滿後才能到軍中領軍，各中高級軍官也必須到學院學習，完成所有課業，考核合格後，才能帶兵和晉升。待以後，更多的軍事學院建立起來後，低級軍官也一定要有軍事學院的學習經曆，才能在軍中任職。
在全國範圍內，共組建十五個近衛軍，四十五個近衛師，共九十萬兵馬。另水師的規模也擴大，三大艦隊共有將士三十萬人。海軍總督由曹明擔任，鄭森也就是鄭成功任副職。
除了這一百餘萬正規軍外，還有數量不少的地方兵，類似後世時候武警和公安的編製，負責地方的治安。
十五個近衛軍，待關外的戰事停歇後，將分別駐防大明三京十二省。各近衛軍軍長，也是曹越親自選定的。為了控製天下，曹越必須將軍權掌握在手裏。
至於以後怎麼樣分配軍權，他暫時沒考慮好。但有一點他不否認，那就是他以後，任何一個人都不可能像他一樣掌握所有軍權，必須受到製約，不然天下肯定要變色。
後世時候可以參考的政治軍事製度很多，曹越相信到時候，他一定能製定出一套合適的製度出來。
在民生上，朝廷製定政策，大在減輕百姓負擔的同時，大力鼓勵各種產業、工商業的發展。民族資本主義的萌芽，是曹越最希望看到的。民族工業發展起來，才能帶動整個社會生產力發展。
一係列改革的改革措施，都是在曹越的授意或者提醒之下，由內閣官員們討論後通過再執行。
很快，大明的天下，就發生了天翻地覆的變化。
永安二年，皇家科學院研製出大明第一台蒸汽機，並在次年末成功地裝備於戰船上，從此大明水師艦隊有了蒸汽機驅動的戰艦。海軍部也隨之成立，屬下的海軍戰船研製局開始設計鐵甲艦。
同一年，第一輛小型的蒸汽機車研製成功，鐵路的修建也正式提上日程。
軍事工業也取得了長足的發展，新式火槍和火炮及高爆********都先後研製成功。
新式********的性能，與最早的黑色火藥的爆炸威力相比，不知道要高了多少個能量級。隨著這種炸藥的問世，槍械、火炮的改進生產也是自然而然發生的。新式步槍全部采用後膛填裝式，槍膛內可以填裝六顆子彈，每次射完後隻需拉動一下槍栓便可再次射擊，無論是射擊距離還是精度，方便程度，都不是原來的步槍可以相比的。
火槍的變革更是比槍械來的大，新式榴彈炮及加農炮也研製成功，並開始試製生產。