（三）高校內部控製範圍過小
目前我國各高校的財務處是一級財務管理機構，主要對高校內部的經濟活動進行總的核算與監督，高校的各學院和各行政部門、後勤部門出現的財務核算則是由各自的負責人來分管的，每個部門是自成體係，獨立存在的。當經濟活動涉及到不止一個部門時，很容易出現職責不清、進行多重核算的情況。同時，由於各高校對學校的科研能力、人均經費等財務指標較為重視，從而忽視了學校的辦學效果、對社會做出的貢獻等非財務指標。還有的高校財務工作中出現權責分配不清的現象，導致權利的失控，內部控製和監督很難得到真正的落實。例如：對於某些項目在執行過程中，高校會製定一個或幾個主辦與協辦單位，但是實際中，這些單位並沒有明確的授權，更不具備責任分工，這樣就對高校內部審計部門的有效監督造成了障礙，從而導致內部控製的失效。
（四）缺乏內部監督的有效力度
高校設立內部審計部門的目的主要是為了審核、控製、監督高校的財務核算、專項資金的使用、投資項目、領導的經濟責任等。我國高校的審計部門一般是以輔助機構的形式存在的，在行政上隸屬於財務處，沒有自己的獨立性，所以，很難發揮其審計監督職能。由於內部審計多是對事後進行審計，缺乏對事前與事中的監督與管理，因此，很難發現並糾正違規行為。目前我國高校內部審計大多數主要是針對財政經費的審計，對於高校的預算萬資金、各學院的創收資金等都缺乏有效的監督和控製。由於高校資金收入與支出的複雜化程度不斷增加，內部審計所麵臨的對象也越來越複雜化，這給高校內部審計工作帶來了諸多困難。
（五）高校各部門信息溝通不夠流暢
大部分高校在各學院之間、各行政部門之間、學院與行政部門之間的信息溝通不夠流暢。隨著信息時代的到來，高校已經基本實現了辦公係統的自動化，辦公條件也得到了改善，但是由於缺乏有效的機製進行管理，使得高校各部門之間無法對相關信息進行共享，各部門之間對出現的問題相互推諉，這使得個部門之間信息溝通不暢，很難及時獲得自己需要的信息資源，從而導致工作效率低。
二、我國高校財務風險的主要類型與表現
隨著我國高等教育改革的不斷深化，社會上越來越多的資源源源不斷地流進高校，如何用好、管好這些資金，降低財務風險發生的幾率，是我國高校管理中必須正視的重要問題。目前，我國高校財務風險主要表現在以下幾方麵：
（一）籌資過程中發生的債務風險
我國高校在高等教育改革的浪潮中不斷進行擴招、發展、大搞基建、興建新校區，甚至有的學校在資金緊張的情況下是很多基建成為了“半拉子工程”，隻等著資金到位後再繼續進行建設。沒計劃的擴建使得一大批高校背負上沉重的負債包袱，這一包袱嚴重影響著高校的正常教學、科研秩序，更是對高校的財務管理帶來了壓力。
（二）資金短缺風險
資金短缺又稱為供給風險。由於學校缺乏新的資金來源，在財務上不能保障學校由於事業發展而對資金的需要的風險。例如：我國教育部要求凡是在校的大學生，學校必須保證每位學生能夠正常完成學業，不能讓學生因經濟困難而出現輟學現象，要想保證這一政策的順利進行，學校就必須對家庭困難的學生提供幫助。再例如：當遇到國家重大活動時，如：奧運會，亞運會，世博會等，國家要求在保證食堂飯菜不漲價的前提下必須搞好夥食，讓全體師生得到實惠。殊不知，學校的夥食是隨著市場的行情而隨時進行調整的。麵對國家提出的要求，市場行情的變化，夥食不漲價而付出的代價必須由學校來承擔。在這些支出中，並沒有在學校的財務預算中體現出來，這給學校的財務管理帶來了困難。
（三）財務預算風險的發生