（二）不完整的項目建設成本核算
一般情況下，公路工程建設項目都會存在多種資金來源渠道，這些渠道主要有：中央專項基金、國債資金、縣鄉財政撥款、省級配套資金以及村街自籌等資金。公路工程建設在施工時，地方配套資金未向相關建設單位撥款或者未以任何方式作為工程建設投資的，工程建設出資方會將資金直接交於施工單位，未進行相關的撥款手續，這樣，建設單位就不能獲取原始的資金入賬憑證，就不能對財務進行處理，所以，這就導致建設項目歸集核算成本出現不完整的情況。
（三）項目建設財務管理能力缺乏
不斷增強理財能力為公路的快速、科學發展提供有力保障。未來公路建設存在著很大的資金缺口，如果單靠國家投資發展公路是不現實的，也是不可行的。在新的曆史發展機遇麵前。為了提高財務管理能力可實行新的財務管理體係，加強交通廳對各公路公司的資金使用情況和財務行為的財務管理和監督，變原來分散式財務管理模式為集中式財務管理模式。實行預算管理，提高公路建設資金的使用效率，減小還貸壓力，杜絕建設資金挪作他用，有必要對（高速）公路建設資金實行預算管理，嚴把建設貸款的發放關和加大對使用貸款的監管力度。
（四）不規範的預留工程質量保證金
根據基本建設財務管理措施中的相關規定：“工程建設部門一定要根據占工程價款結算總額比例的50%進行工程質量保證金的預留，等到工程竣工驗收一年後進行保證金的清算”。很多建設部門為根據規定要求預留質量保證金，導致工程質量保證金在出現問題時，不能找回應該扣回的項目工程款項，不能起到對施工單位進行約束以及保證工程質量的作用。
三、對公路公司基建項目財務管理存在問題的措施
（一）建立健全並嚴格執行基本建設單位財務管理體係
依照基本會計製度、單位需要以及相關財政部基本建設財務管理措施等所提出的要求，製定與本單位相適應的財務管理體係，同時還要嚴格執行。對工程結餘資金進行正確處理，該交回的要交回投資方，歸還該歸還的貸款，如果還存在結餘資金，就要根據基本建設財務管理中的相關規定來進行資金的合理使用；根據相關要求對工程項目竣工財務決算予以積極辦理，對決算批複程序與決算審計予以嚴格建立，確保決算的製度化與規範化，為固定資產的正確計價形成提供重要依據。
（二）建立完整的崗位責任製
編製執行財務計劃要認真，做到撥款、使用、分配按計劃進行，財務管理部門需嚴加控製，並注意開源節流。對各項生產經營活動的收支情況實行財務監督和檢查，對經濟合同和協議要參與審查，並及時糾正違紀事件，把好財務紀律關。經常對有關經濟活動進行觀察與分析，及時提供財經情報，做好領導的參謀；對基層給予業務幫助，有計劃地做好財經人員培訓工作，以提高其政治素質和業務水平。製定本係統的各種財務規章製度和辦法，按規定完成各項報表和賬目，健全會計檔案，並妥善保管有關憑證資料。會同有關部門核定單位固定資產和流動資金並對此加強管理。
（三）財務人員業務素質的提高
首先，要定期對財務工作人員培訓基本建設財務管理與建設會計製度，保證財務核算管理工作人員能夠對施工工藝流程有充分的了解。其次，還要定期組織財務工作人員通過其所遇到的工作方麵的問題來集體討論，使其可以通過集體的力量找出最佳管理財務的措施，以此提高會計核算的準確性與正確性；通過“走出去，請進來”的交流方式，同時學習先進單位對公路基建財務的管理經驗，取其精華，棄其糟粕，保證基本建設財務管理水平能夠得到全麵提高。