（三）早做結賬準備
在會計集中核算賬務資料移交前，應做好結賬工作，即使改革日期不定在年初，至少也應做好銀行存款、往來、現金、固定資產的結賬，做到賬務移交工作清楚明白，杜絕遺留問題的存在，因為國庫集中支付改革後，會計核算中心撤銷，遺留問題的解決變得相當複雜，甚至無法解決，真的變成“遺留問題”。
四、國庫集中支付改革的前期準備工作
在國庫集中支付改革中除提前設置機構和職能崗位、配備培訓人員、製定改革方案和配套製度、建立國庫單一賬戶體係、搭建軟硬件平台、開發軟件、招標代理銀行、設計印製所需單據等基本的工作外，還應做好一下工作：
（一）設置預算單位賬套
在國庫集中支付係統中根據各預算單位的預算編碼，區分行政和事業、教育等賬套性質為每個預算單位設立包括總賬、明細賬及報表的賬套，用於單位的賬務核算，並分別設置相應的會計科目和報表格式，同時要求各單位設置符合要求的財務機構並配備合格的財務人員，通過業務培訓、實際環境的操作係統培訓，使各單位財務人員在接手後能夠順利辦理各項常規業務。
（二）做好各單位在會計集中核算中心剩餘資金的處理工作
對於國庫集中支付改革前各單位的剩餘資金，有的人認為需要上交國庫集中收繳，實行國庫集中支付改革後，按照新的部門預算重新下達指標。但是這樣做的結果會導致各單位突擊將這部分資金花完，因為結餘了資金就不是自己的了，即使財政承諾資金歸單位所有，由單位使用，也起不到好的效果，單位會認為財政會給結餘資金多的部門壓縮指標，當然這也是部門預算的一個要求，這樣做的結果是即收不到資金，又助長了不良風氣，還對這項措施產生了反感，不利於國庫集中支付改革的進行，增加了各單位對財政政策的抵觸情緒。綜合以上情況，大多數地方采取了設置其他資金專戶的做法。原在核算中心的剩餘資金在實行國庫集中支付後存入其他資金專戶，於改革後，在與單位辦理賬務交接的同時，確認剩餘資金金額，下達用款指標。這樣做，單位比較認可，不會突擊花錢，國庫集中支付改革也變得比較穩定，同時單位接收賬務的積極性也較高，因為誰先辦理交接，誰就可以先開始花錢，避免了春節前單位無法支付資金的情況，同時也維護了社會的穩定。因為新的部門預算開始實行後，不可能在短期內下達指標，指標至少要等到1月15日以後才能下達，更不用說審批計劃辦理支付了，對於春節前的急需款項不能支付，很肯能引起上訪、農民工和困難戶無法過節等情況，造成惡劣的社會影響。
（三）做好係統的測試工作
為保證改革的順利性，一定要進行充分的係統線上真實環境的測試，包括壓力測試等，因為國庫集中支付業務的不可逆性，支付出的資金很難收回，數據少了尚可挽救，運行開始後如出現係統差錯，會造成不可挽回的損失，為保證安全，一定要組織責任心強的人員進行充分的測試。
五、國庫集中支付模式的選擇
按照財政部關於國庫集中支付改革的精神和要求，全麵的國庫集中支付改革應為國庫集中收付製度改革，即國庫集中支付中心應將總預算會計職能包含在內，不再另設國庫科。如果另設國庫科，不利於國庫集中支付核算的全麵性和規範性，增加國庫集中支付工作的繁瑣性，削弱總預算會計的核算職能，造成兩張皮的狀況，同時也給單位帶來許多不必要的麻煩。
六、國庫集中支付流程的設計
結合當前的各項財政體製改革，在設計國庫集中支付流程時，應當將各項財政業務整合到國庫集中支付改革中來，做到支出一個口子，進行係統控製，避免手工控製的缺點和漏洞。基於以上原因，我們將政府投資評審和政府采購業務納入了國庫集中支付係統，起到了良好的效果。
七、現階段國庫集中支付中存在的問題
在國庫集中支付業務中各地普遍存在的主要問題有兩個：一是代理銀行的零餘額賬戶不能真正實現先墊支再清算，需要采用變通的辦法處理，使退款流程變得複雜；二是人民銀行清算時間安排不合理，導致代理銀行不能及時清算，影響單位資金支付。這兩個問題在很大程度上抑製了國庫集中支付的效率和效果。