2、明確崗位界定工作的依據
科研院所相關管理部門應細化崗位界定工作，依據不同崗位的崗位特性出台不同的界定方式。例如：對於管理崗位的人員而言其工作內容相對固定，比較容易界定出其崗位所接觸事項的最高密級，並按其進行劃分；而對於科研崗位，其工作內容是跟著項目走的，工作內容的涉密程度隨著項目的變化而變化，尤其是承擔多個項目研發的技術骨幹，如時時按照工作內容進行崗位界定，易產生短期內該人員連續的辦理涉密人員上崗與下崗手續，帶來工作的不便。故可試以科研人員在一定時期內所能接觸到的國家秘密的數量與程度對其進行涉密崗位的界定。
3、抓好人員教育與培訓工作
麵對嚴峻的安全保密形勢，保密教育與培訓工作也應更具特點，將工作落到實處。一方麵，我們要繼續加強對重點對象的培訓工作，比如重要部門的領導幹部、涉密項目負責人等人員的教育；另一方麵，我們要根據環境的變化與保密的形式進行分析，並展開多樣化的教育與培訓工作。從人員年齡層次上看，我們應注重結合不同年齡段人員的思想特征進行教育與培訓，特別是對剛剛參加工作的年輕人員，要進行換位思考提高其對教育或培訓內容的認知度；從人員分類上看，我們應做好人員統計工作，特別是不能忽視涉密項目中的非密人員，可采取觀看展覽、展示的方式對其進行教育。從保密工作薄弱環節上看，我們要加強涉密人員因私出國的保密教育工作，要有針對性的對其進行提問或考試，合格後方可辦理後續手續。
4、合理調控涉密人員待遇
保密補貼是單位給予承擔保密義務、負保密責任的員工一定的待遇，目的是更好地履行保密責任和義務，保證國家秘密的安全。實際工作中科研院所涉密人員的保密補貼是按照涉密等級分級進行發放的，並與該員工承擔的保密義務、負有的保密責任對等。涉密人員發生違反保密規定的行為時視情節輕重予以扣除。但還有一些問題值得我們重視。第一，涉密科研院所的非涉密崗位人員同樣承擔保密義務、負有保密責任，應依據工作實際情況對其發放保密補貼；第二，涉密人員中存在跨崗位工作的情況，比如涉密科研崗位兼職從事涉密工勤技能崗位的人員。在布置其相關工作時應充分籌劃，合理進行薪酬調控，不易將保密補貼與崗位津貼混淆，並進行發放。
5、落實涉密人員的績效考核工作
落實好涉密人員的績效考核工作要從日常的保密監督檢查工作做起，在這裏建議從以下四個方麵著手強化相關工作的管理。首先，要準備好相關材料，明確檢查的目的、參檢的人員、檢查的對象等；其次，聽取報告並進行取證時要進行詳細的記錄；再次，進行問題嚴重性判定時要做好分析，並根據情況監督其進行整改；最後，要對工作進行整理歸檔，為考核工作提供詳實的支撐材料。這樣才能有效的開展涉密人員績效考核工作。
6、及時辦理崗位調整工作
在具體的上崗事項辦理過程中，單位相關部門一方麵要根據單位的項目變化情況把適合的、優秀的人才聘進涉密崗位；另一方麵，還要注意涉密人員的崗位變動辦理的及時性，為保證涉密人員的責、權、利對等奠定基礎。如管理情況與實際情況不符，勞動關係不對等會直接影響涉密人員工作的主動性，嚴重時會造成不可挽回的損失。