（二）“一條鞭法”執行不徹底
“一條鞭法”簡化合並征收項目，變徭役的多稅製為單一稅製，變力役為貨幣稅，其改革的初衷旨在均平賦役，減輕農民負擔，但由於執行得並不徹底，條鞭之外，丁銀尚存，“如無丁無糧者，編為下戶，仍納丁銀”。由此也可看出，農民的負擔不但沒有減輕，反而更加沉重了。此外，“一條鞭法”雖然征收手續簡便，但沒有對賦役的總額加以限定，“條鞭之法，有司分外又行增派，擾民甚殊”，這必然給此次賦役改革的失敗埋下伏筆。
（三）加耗和雜稅進一步泛濫
“一條鞭法”施行後，舊的攤派並沒有消除，海瑞就曾經指出“各州縣尚有力差名目可恨可歎”，《通鑒》中也提到“自嘉靖以來行‘一條鞭法’，頗稱簡便，然諸役冗費名罷實存，有司追征如故”。
“一條鞭法”的施行還產生了另一個非常久遠的影響，即火耗問題。火耗又稱耗銀，由於金屬熔化後再行鍛造，會產生損耗，這與朝廷要求的全額折銀的要求不符，因此開始加征火耗，各地比例不同。至萬曆年間，火耗成為地方聚斂的一個巧妙的手段，也成為納稅人一個沉重的負擔。
三、“一條鞭法”的現實意義
以史為鑒，可以明得失，知成敗。雖然“一條鞭法”由於自身固有的缺陷及執行的不徹底性，最終走向了失敗，但其有著深遠的影響，並對當今的稅製改革起到了警示作用。
（一）稅製改革應建立相關配套製度
任何一項製度的改革都不是孤立的，尤其是涉及麵廣的稅製改革更是一項係統工程，必須建立相關的配套製度。從“一條鞭法”的實施來看，主要依靠官僚，但是因地方豪強的阻撓並沒有在全國全麵推行，且由於雜役加耗等弊端以至失敗而終。這說明“一條鞭法”是一種治標不治本，沒有配套的監管和執行製度，僅僅停留在表層的稅製改革。
當前我國稅製改革應吸取這一教訓，尤其在開征新稅種的時候，更要考慮配套製度的完善問題，如開征物業稅，呼聲很高，但總是雷聲大、雨點小，究其原因，無非是產權登記製度、房產評估製度及各地信息聯網共享製度等相關配套製度還不夠完善，以至物業稅在短期內還無法落到實處。
（二）稅製改革要以簡化、公平為出發點
“一條鞭法”最為精髓的內容體現在賦役合並、簡化稅製、地丁合一。這在當時，是起到了積極作用，在一定程度上改變了賦役混亂不均的狀況。一般而言，稅製的複雜程度與征稅成本呈正相關性，而我國目前有些稅種的製度設計得較為複雜，不易實行。比如所得稅製中關於稅收優惠的規定繁多複雜，計算量很大，對征管人員的要求較高，征稅成本也較高，並且不利於納稅人的學習與理解，有可能使得部分優惠措施得不到落實。因此，政府在製定稅收製度的時候應盡可能地簡化，方便易行，在公平的基礎上兼顧成本與效率。
（三）稅製設計要考慮地域的差異
張居正在推行“一條鞭法”時，在南方施行較易，在北方則阻撓較大。“蓋南境氣候既燠，特產富饒，有木棉粳稻之產，有蠶絲材之業，又地闊力餘，營植不礙，民間貧富不甚相懸，一切取齊條鞭，奚不可？北境則不然，地寒涼，產瘠薄，即中路，又苦衝煩，貧富相去，何啻蓓蓰？”可見，稅製的設計如不因地製宜，采取一刀切的話，將會導致稅製施行不利，加重納稅人負擔。我國現行的稅製改革要注意這一問題，在設計稅製的時候，要考慮地域差異，不能隻看到沿海地區的收入高，也要看到西部地區的貧窮落後。在實際的執行過程中，可以嚐試差異化的稅製，通過稅率、稅基等要素的微調，體現公平兼具靈活，使得稅製能夠符合當地經濟發展的實際情況
（四）治稅應與治政相結合
張居正在實施“一條鞭法”的同時，大力精簡機構，減裁冗官，對貪官汙吏堅決懲處，為保障全麵清丈土地，曾下令“各該巡撫丈田均糧，但有執違阻擾，不分宗室、軍、民，據法奏來重處”。無論是古代還是現代，國家稅收的製定和實施都離不開政府官員，如果官吏貪汙、冗官冗員，都會造成國困民窮，增加行政成本，效率得不到保障，因此治稅應與治政相結合。在當今社會，中國稅製改革也應重視這個問題。政府應順應社會主義市場經濟的要求，積極轉變職能，精簡機構，加強對地方的領導和監督，使各項稅製改革措施真正落在實處，最大限度地提高效率。
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