黃帝安排了數名黑衣使者以神“羲和媧”的名義去世界各地傳達女媧娘娘的旨意，提醒人族子民躲避大洪水。使者們陸續對世界各地的人族發出了大洪水預警，而斷了一根天柱的月球飛碟則以每天下降若幹公裏的速度準備降落在太平洋上，約一個月後，巨大的月球飛碟降落在太平洋上，月球飛碟的下部分淹沒在太平洋深海之中，衝撞擠壓地球海麵，排擠出的巨量海水引發海嘯，洶湧地奔上世界各處大陸，淹沒了大多數海拔在約1000米以下的陸地、山林。很多的植物、動物，包括大量恐龍，都被滔滔洪水淹死。世界各地有一部分的人類得以存活，他們是遵照了神的警示而逃過大難，例如：
“羲和媧”到了中東地區，看到諾亞是一位善良的人，於是“羲和媧”對諾亞說：“人類的可憎我再清楚不過了，他們使這世界充滿了仇殺，甚至造神的反。我有意要毀滅他們，也毀滅掉同他們一起的這個世界。你要為自己造一艘方舟，用絲柏木做船架，覆蓋上蘆葦，再在裏外兩麵塗上樹脂。我要使洪水泛濫全世界，消滅天下所有活著的人，地上萬物也要消滅光。但我要與你立約。你到時就帶著你的妻子、兒子、兒媳們一起進入方舟。你還要把各種飛禽、走獸、爬蟲，每樣兩隻，雌雄各一帶上，和你一道登舟，在船上喂養好。此外還要帶上各種吃的東西，儲存在船上，作為你們和動物的食糧。”諾亞遵照“羲和媧”的話，一一辦到了。
這樣，為了躲避洪水，諾亞和他的妻、子及兒媳們都上了方舟。和他一起上船的還有那些動物：潔淨的和不潔淨的牲畜，每種都是雌雄一對；所有的鳥類和地上的爬蟲，也是一對一對的，按“羲和媧”的吩咐那樣都上了船。當洪水降臨到大地，大深淵的所有泉源一齊噴發起來，天穹洞開，大雨傾盆，不停地下了四十個晝夜。……洪水泛濫了四十天，大水漲起來把方舟托起，高高地升離地麵之上。落在地麵的水越來越多，淹沒了天下所有的高山。水一直漲到浸沒高山十五腕尺之深。一切有氣息的生物，所有生活在陸地上的東西，全都沒有了。“羲和媧”清除了世上的生物，人也好，獸也好，爬蟲也好，飛鳥也好，全部從地麵上消滅幹淨，惟獨諾亞和在方舟上的他一起的妻子兒媳、鳥獸爬蟲活了下來。
另一位黑衣使者“羲和媧”向另一處地處中東的國王發出有關洪水將要到來的警告，他說：“你們快拆了自己的房子造船吧！不要考慮自己的財產，如果生命得救，請為這件事高興吧，別忘了在船上裝上各種動物。”
前往美洲警告人族的使者則向名叫那塔的人發出了關於勢必降臨的大災變的警告：“停止用龍舌蘭造酒吧！再挖空大杉樹的樹幹造一個獨木舟，到特索斯頓特裏這月，洪水滔天時，請進到這個獨木舟中！”大洪水果然來臨了，地上的人都死光了，而那塔和他的妻子卻逃脫了滅絕。當洪水退去後，那塔和他妻子開始點火燒魚。燒魚的香氣四處擴散，陣陣飄到天上。
在收到大洪水預警的人類中，有的先哲為了避免知識遺失，為了給後人留下寶貴的知識，把自己所知道的重要知識保留下來，他們說服祭司、帝王將相們把各種得到的知識、藝術以及科學成果藏在或者刻印在石柱、高山洞穴、金字塔等不易被破壞的地方，為人類留下了珍貴的知識種子。