1、市場體係不完善導致公允價值計量的可靠性較差
公允價值計量方法的運用需要有健全完善的市場體係作為保障，隻有在市場能夠提供公允、客觀的價格的條件下價值才會被公允的反映。公允價值計量運用的必備條件為存在相關資產的活躍市場，隻有當所有資產和負債的市場環境為流動和透明的，公允價值才能夠為相關利益方提供有用可靠的信息。目前，我國的市場經濟體製仍然存在很多缺陷，市場體係不夠健全完善，相關的市場包括證券交易市場、產權交易市場等都不夠成熟，信息流動的暢通性不足，很多資產與負債的活躍市場都沒有形成，市場價格難以真實體現價值，導致大多數資產無法獲得公允價格，在實踐中往往隻能以現值法來估計公允價值，存在較大的偏差。
2、公允價值計量存在較大的不確定性
與傳統的曆史成本法相比，公允價值計量存在較大的不確定性。我國企業會計準則中規定，公允價值計量可用於初始計量以及後續計量。然而，後續計量過程中往往不存在交易行為，公允價值的認定成為一個較大的難題。目前，我國會計實踐過程中主要采用現值法來估計公允價值，現值法的使用涉及到資產未來現金流量的獲得以及折現率的確定，而這些信息與數據都隻能靠對未來進行合理的估計來獲取。由於市場經濟環境是不斷變化的，預計的資產現金流量與實際數一般都會存在較大差異，且在預計未來現金流量時的假設條件時而也會發生變化，因此，無論是未來現金流量還是折現率的估計都會存在一定的誤差，這些誤差會導致公允價值計量存在較大的不確性，難以滿足會計信息質量的要求。
3、公允價值計量可能被企業利用作為操縱盈餘的工具
根據企業會計準則中非貨幣性資產交易的規定，在公允價值計量的條件下，要將換出資產的賬麵價值與公允價值之間的差額計入損益。根據債務重組的規定，以非現金資產來清償債務的，債務人要將轉讓的非現金資產的公允價值與重組債務的賬麵價值之間的差額計入當期損益。公允價值計量最大的特點在於，大多數以公允價值計量的資產與負債，其在每一會計期間的變動都要計入當期損益部分，而由於公允價值的確認具有一定的主觀性和不確定性，因此給企業利用此操縱盈餘創造了空間。
4、公允價值計量可能會加大審計風險
在傳統的曆史成本計量條件下，審計的重點主要是對實物資產是否賬實相符、企業票據是否真實合法等進行審查。隨著公允價值計量在企業中的運用，審計師需要轉變審計重點與審計思路，在審計過程中要進行更多的綜合分析，對資產風險的確認、計量與披露進行嚴格的審查。在這種背景下，審計人員能否熟練掌握公允價值計量以及會計核算方式成為審計工作的關鍵所在，這大大增加了審計工作的難度與風險，對審計機構提出了很大的挑戰。
三、完善公允價值計量在我國運用的對策建議
1、建立健全市場體係，創造有利於公允價值計量運用的市場條件
健全的市場體係是公允價值計量運用的市場條件，因此我國要不斷完善市場體係，創造充分競爭的活躍市場，為公允價值計量的運用創造條件。我國要不斷加快市場經濟體係建設，破除部分行業的市場壟斷，打破部分資源市場價格壟斷的格局，建立開放公平的交易市場，為商品和各類生產要素在全國範圍內自由流動創造條件。首先，我國要培育建立各級市場，尤其是生產資料交易市場和二手市場，為公允價值的取得創造條件；其次，要不斷完善與公允價值計量相關的各類市場，包括資本市場、外彙市場、產權交易市場、票據市場等，引入競爭機製，確保資產與負債的市場價格能夠更加真實準確地反映價值。