開始一段時間，力行社員總數約三百人左右，最高核心組織是十三人的幹事會，所謂“十三太保”即指力行社的十三名高級幹部。幹事會的常務幹事最初是三人，後來增加到五人。書記（後來稱書記長或總書記）一職由社長蔣介石在常務幹事中指定，是幹事會的秘書長和執行長。滕傑為第一任總書記，父親是第六任書記長。幹事會下分設組織、宣傳（也叫做“訓練”）、軍事、特務、總務等五處。高層的核心組織，不僅外人，連低層和外圍的會員都不知道。
力行社是組織的內層，屬於核心層次，對所有行動進行決策；第二層即中間層次，為“青年同誌會”，是負責執行機構；第三層即外麵層次，為“中華複興社”，直接領導群眾，是將決策付諸具體行動的機構。由於戰時的特殊情況，力行社十分注意保密，即使在內部也一樣。除了十三位幹事外，同誌會不知有力行社，複興社也不知有同誌會。同時從中央到基層分為四級，中央是總社，省級是分社，縣級是支社，區級是小組；學校等特殊行業也都有代號組織。從外向內看則是多邊無定，從內向外看，則環環相扣。力行社的這些措施都是為了嚴守秘密。
力行社的整個組織，包括青年同誌會、中華複興社的人數，最後達到五十萬以上。在短短的六年間，其組織無形中控製了整個中國，在以後的中國社會裏也一直餘波猶存。
中國文化學會
民國二十二年冬季，經蔣介石同意，父親和一些大學教授及社會學家發起、創立了一個由力行社社員主持的“中國文化學會”（簡稱為“文化學會”），由父親擔任理事長。父親身體力行，迅速推動文化複興工作，擴大文化界的組織活動，成千上萬知識分子踴躍參加，在平、津、京、杭等地，形成了一股文化複興運動的高潮。父親還慷慨地將自己的拔提書店轉讓給力行社，並發起募集中國文化學會基金，準備更加廣泛地從事出版各種書刊、建立流動圖書館等文化活動。不到半年就募集了近百萬元的基金，各式各樣的活動，進步之快，令他們大為振奮。
蕭作霖等負責在上海成立上海分會，很快受到上海各大學的響應，開始積極擴張與活動。力行社所取得的這一切成效，讓陳果夫、陳立夫兄弟強而有力的CC派很不滿意。陳氏兄弟是蔣介石多年的密友兼核心部屬。他們覺得文化學會侵占了他們的活動領域，CC派和黃埔係之間一直有些矛盾、競爭和猜疑。他們打算限製文化學會的發展，可是文化學會已和好些大學建立起了關係，使CC派不能得逞。
陳果夫於是向蔣介石報告，說這樣重複組織，引起了很多混亂，文化學會侵犯了蔣介石已答應給CC派的領域。他所講的可能是對的，因為蔣介石經常有意地設置相似的組織，讓他們互相監視，彼此製衡。陳果夫還誣告父親利用文化學會為自己“圖利”。父親當然不是陳氏兄弟的對手，蔣介石於是在民國二十三年七月解散文化學會。父親既灰心又惱怒，隻好把各地的捐款全部退回，並逐步停止各項組織活動。恰好父親不久後就離開崗位，風起雲湧的文化學會及文化複興運動，也逐漸平淡而煙消雲散了。
藍衣社
力行社長久以來被引稱或誤稱為“藍衣社”，因為力行社極端秘密，不願出麵更正。那時意大利的黑衫黨和德國的褐衫隊風行世界，“藍衣社”的名稱因此較易被群眾接受。不僅是名稱，力行社組織的性質也多被誤解成“法西斯極權組織”或“特務恐怖組織”。當初，力行社對幹部的要求是遵守紀律、服從命令、埋頭工作、不惜犧牲，以傳統儒家的精神來完成總理遺誌，完全沒有一絲法西斯的意味。可是，後來力行社組織日漸龐大，不免多少帶有些極權作風，所以又被稱為“藍衣社”，並被大家認為是“法西斯”、“特務”組織。
大哥鄧元忠認為，各種有關文件從未出現過“藍衣社”這個名稱。蔣介石在關於力行社的訓話檔案中，也從未用過此一名詞。而父親在書稿、談話裏，也完全沒有用過“藍衣社”。所以大哥認為，還是應該稱為“力行社”才對，因為它的全名是“三民主義力行社”。可是，大概是為了方便起見，大家仍然采用“藍衣社”這個名稱。