盡管大腦皮層是大腦的思維部分，但它的作用還不止於此，它對理解情感智力也是不可或缺的。大腦皮層使人類對自己的感情有所知覺，使我們具備眼光，有能力分析某種感覺的來源並采取措施。
大腦的情感和思維部分在行為功能上雖不一樣，但卻是相互作用的。情感部分反應更快、更強烈，當人們正處於憤怒中，即使還沒有斷定是何種憤怒，這個部分就能提醒我們引起注意。另一方麵，大腦皮層尤其是前腦葉，能充當調節閥的作用，在人們對某個情感情況做出反應之前，先進行分析並賦予其意義。不久前，神經外科大夫還認為割去大腦皮層的一部分，可以治療精神疾病，卻沒有意識到大腦的思維和情感兩部分是共存的。
大腦邊緣係統即通常所稱的大腦的情感部分，分布於大腦半球的內層，主要調節感情和衝動。它包括進行情感學習和貯存情感記憶的海馬回，還包括大腦的情感控製中心——扁桃核及其他結構。
雖然說大腦各部分有各部分的情感功能，但也隻有這些部位綜合起來才能決定人的情感智力，我們可以舉個例子來說明這一點。一天晚上，你正準備上床，忽然門鈴響起，你的腎上腺素會突然大量增加，刺激扁桃核注意可能有危險。你非常警惕地開了門，發現你最崇拜的影星（作家、政治家、體育明星）正站在門外，告訴你他的車拋了錨，請求幫助。是海馬回讓你認出站在你麵前、使你無比興奮的人物，然後觸發扁桃核產生相應的驚奇、興奮、敬畏，甚至一種渴望。這時你的大腦皮層就會提醒你，你崇拜的對像有自己的名字，有來這兒的特定原因，並不是來看望你的。大腦皮層還讓你不說蠢話，考慮到未來，大腦皮層提出了一個主意，請他答應合拍一張照片吧。
實際上，神經係統與情感智力相聯係的部分是最為有趣，也是最微妙的，它通過生物化學方式將情感傳送到身體各個部位。該領域的研究已經取得了一些突破性進展。過去15年中，科學家們已能鑒別出氨基酸家族成員——神經肽，他們認為它就是與情感相關的生化物質。神經肽一般是貯存在大腦的情感部位，人產生情感時，它便被輸送到身體各個部位，告訴身體如何反應。每當人做出情感反應時，大腦都要向受體傳送一些化學物質，再由各受體傳遍全身。