後來男女主共同出兵邊疆，與青林王朝作戰，女主又是當軍醫又是當軍師，最後男女主齊心協力打敗了青林王朝。
高潮2+++女二與男二返京，一路上暗殺不斷，男二為保護女主幾經喪命，最後到皇都。女主以女子身份進宮侍疾，她的誠心打動過了皇帝，並向皇帝披露了自己的身世。皇帝本就想傳位於三皇子，在知道真相後卻瀕死無法改遺詔，後來男主凱旋，女主也用自己和男主的暗勢力掌控了帝都。當遺詔公之於眾的時候，女主拒絕當女皇，反而把帝位禪讓給自己的弟弟林昊辰（男三，（此時皇貴妃已經在逼宮時為救皇帝而死）。隻當了一個閑王，受封護國公主，民間送神醫聖女之稱。
林昊辰其實最適合當皇帝，沒有男主的冰山，有的是溫潤和腹黑，由於常被拿來和自己的哥哥作比較，於是便把自己偽裝成一副浪蕩子的模樣。後來女主覺得弟弟其實挺善良的，便
認了姐弟(其實是親姐弟），後來也是他發現榮慶王有逼宮謀逆之心，並和女主，男二一起平息了內亂，繼承了王位。娶了第一花魁（女三）為後。
高潮3+++男主在打敗青林後決定拿回屬於自己的權利和地位，女主跟隨男主到了青林發展事業。而男主早已進宮將事情真相告訴青帝。事實真相就是，男四的老媽當年怕男主的老媽身下皇子後更是寵冠後宮，於是買通接生嬤嬤和太醫，害她難產致死，而男主也被偷送出宮，對外宣稱夭折。為什麼可以判斷血緣關係呢？因為青林王朝的皇族男性每出生一個，他們的護國神石上便會多一縷血線，當初宣稱早夭時，血線並未消失，青帝早已起疑心，暗中查探，還托了天機閣。於是就這麼父子相認了。
後來已是太子的男四和他的老婆（黑化的女二），一心想致男女主於死地，又發動了逼宮，結果當然失敗，
結局青帝廢了太子發配邊疆，女二充為軍妓，將太子的母親賜死。冊封了男主為太子，男主又娶女主為老婆。永遠的護花使者男二終於心死，將感情埋到心底，回祁陽宮當了掌門，一輩子未娶妻。女主的師傅也參加了婚禮，見到了夢中情人的兒子，將三生穀傳給女主，自己也帶著男主母親贈給自己的蕭雲遊四海去了。