第二驅逐隊：朧號驅逐艦（旗艦）、電號驅逐艦、雷號驅逐艦、曙號驅逐艦。
第三驅逐隊：東雲號驅逐艦（旗艦）、薄雲號驅逐艦、霞號驅逐艦、漣號驅逐艦。
第14魚雷隊：千島號魚雷艇（旗艦）、隼號魚雷艇、真鶴號魚雷艇、鵲號魚雷艇。
第二艦隊下轄：
第二戰隊：磐手號裝甲巡洋艦（旗艦）、出雲號裝甲巡洋艦、吾妻號裝甲巡洋艦、常磐號裝甲巡洋艦、八雲號裝甲巡洋艦、淺間號裝甲巡洋艦、千早號通報艦。
第四戰隊：浪速號巡洋艦（旗艦）、高千穗號巡洋艦、明石號巡洋艦、對馬號巡洋艦。
第四驅逐隊：朝霧號驅逐艦（旗艦）、雨村號驅逐艦、朝潮號驅逐艦、白雲號驅逐艦。
第五驅逐隊：不知火號驅逐艦（旗艦）、從雲號驅逐艦、夕霧號驅逐艦、陽炎號驅逐艦。
第9魚雷隊：蒼鷹號魚雷艇（旗艦）、雁號魚雷艇、燕號魚雷艇、鴿號魚雷艇。（雁與燕在日語發音中不同，不存在指揮中錯誤指示）
第19魚雷隊：鷗號魚雷艇（旗艦）、鴻號魚雷艇、雉號魚雷艇。
第三艦隊下轄：
第五戰隊：橋立號巡洋艦（旗艦）、鬆島號巡洋艦、嚴島號巡洋艦、鎮遠號二等戰列艦、八重山號通報艦。
第六戰隊：須磨號巡洋艦（旗艦）、秋津洲號巡洋艦、和泉號巡洋艦、千代田號巡洋艦。
第七戰隊：扶桑號二等戰列艦（旗艦）、高雄號海防艦、築紫號炮艦、摩耶號炮艦、島海號炮艦、宇治號炮艦。
第1魚雷隊：69號魚雷艇（旗艦）、70號魚雷艇、67號魚雷艇、68號魚雷艇。
第5魚雷隊：福龍號魚雷艇（旗艦）、25號魚雷艇、26號魚雷艇、27號魚雷艇。
第10魚雷隊：43號魚雷艇（旗艦）、40號魚雷艇、39號魚雷艇、41號魚雷艇。
第11魚雷隊：73號魚雷艇（旗艦）、72號魚雷艇、74號魚雷艇、75號魚雷艇。
第15魚雷隊：雲雀號魚雷艇（旗艦）、鷺號魚雷艇、鷂號魚雷艇。
第16魚雷隊：白鷹號魚雷艇（旗艦）、66號魚雷艇。
第17魚雷隊：34號魚雷艇（旗艦）、31號魚雷艇、32號魚雷艇、33號魚雷艇。
第18魚雷隊：36號魚雷艇（旗艦）、35號魚雷艇、60號魚雷艇、61號魚雷艇。
第20魚雷隊：65號魚雷艇（旗艦）、62號魚雷艇、63號魚雷艇、64號魚雷艇。
此外還有三十多艘輔助軍艦負責救護、通訊、運輸、幹擾、偵查等任務，而這些已經是日本海軍的全部力量，可以說秋山真之是在賭日本的國運了，勝者全拿，日本獲勝則全部拿走戰爭紅利，日本失敗則國家戰敗。一百四十多艘各式軍艦靜靜地等待著俄國太平洋第二艦隊送上門來。但是從日本海軍艦隊組成上來看，一些軍艦根本都已經不堪重用，其中鎮遠號二等戰列艦就是甲午海戰大清北洋水師被俘虜的鎮遠號鐵甲艦，日本人甚至連鎮遠號鐵甲艦都拿出來打這一場戰爭，由此可見日本的賭博心態了，他們簡直是瘋狂的賭徒。