得力於電報的發達，在四川和青海向中央報告之後的第二天，曹躍做出決定，立即下令川軍和西北血軍分別從西康與青海入藏，對旺達叛軍進行平叛。
旺達的叛軍隻有區區一千多人，但是西藏地理位置特殊，尤其是士兵補給困難重重，兩支平叛部隊艱難入藏，進入藏區的時候兩支軍隊已經犧牲十分之一的兵力了。
在克服了種種不利之後，四川雅安清軍總兵於華吉和西寧總兵袁震率領各自的部隊長驅直入，直取拉薩，兩軍最終會師與拉薩城下，消滅了旺達叛軍。並將參與叛亂的所有藏區叛軍扒皮，並將所有人皮製成人皮大鼓，送給了各個土司，讓他們好自為之。旺達的所有奴隸和土地全都被賞賜給了協助平叛的其他西藏貴族。
由於冬季的到來，進入西藏的清軍暫時撤不回來了，而曹躍也順勢下令於華吉和袁震兩人暫時駐軍西藏，並將兩軍總計三千三百人整編為第25集團軍，委任於華吉擔任25軍軍長，袁震擔任25軍總參謀長，兩人協助新任西藏省長紮吉土司進行青藏地區改省。
袁震曾經在陝西武備學堂學習過，是二期學員之一，當年成績也不算是優秀，隻是早期的學員全都受到了重用。他和於華吉商量之後認為，單單憑借著這3300四川兵和甘肅兵想要完全控製西藏省、南藏省和西康省，的確是力不從心，他們需要擴軍，而西藏此時依舊是奴隸製度，他們可以從西藏的農奴中選拔一些人來，給與他們自由，以此來換取民心。
於華吉笑著說我們這一招豈不是在挑唆農奴對抗土司，袁震說如果土司們和領主們的權力過大，我們反而危險。第25集團軍不能做一個消防員，哪裏出現火警去哪裏，而是應該作為一個舵手，用影響力控製西藏地區，利用當地人和當地人的矛盾來搞平衡。
這兩個年紀不大的軍官隨後請示了中央的同時，悄悄吸收西藏農奴，並暗中鼓噪農奴起義，而25集團軍則作為一個即支持農奴由保護土地財產的幕後黑手，在西藏地區逐步實現著土司改省製度的完成。
他們的才華自然被曹躍看在眼中，曹躍打算將他們掉入兵部，可是他考察了其他人沒有人能夠代替他們的作用，於是暫時按耐住了將這兩人調到自己身邊的想法。
在土司改省的同時，曹躍也進一步開始對全國的總督製度進行改革，並且正式取消了直隸總督，改直隸省為河北省，取消甘陝總督，取消兩江總督，取消湖廣總督，取消兩廣總督，取消閩浙總督，取消雲貴總督，取消四川總督，僅保留東三省總督。
原閩浙總督許應騤升任文淵閣大學士，入主軍機輔佐曹躍，原雲貴總督王文韶升任武英殿大學士，入主軍機輔佐曹躍，兩廣總督岑春煊任廣東省長，四川總督魏光燾擔任四川省長，兩江總督胡聘之擔任江蘇省長，湖廣總督饒應祺擔任湖北省長。
曹躍以自己才幹拙劣為理由，自請辭體仁閣大學士，但百官此時哪能讓他辭職，一力挽留，曹躍“隻好勉強”留任體仁閣大學士。
邊區改省的同時，曹躍也對清朝巡撫製度進行了改革，各地巡撫是可以調集軍隊的，這也間接地為地區獨立提供了便利，而曹躍是想中央集權，將軍權全部調配到中央，因此接下來他在全國進行了巡撫製度改革，改巡撫為省長，保留除調派軍隊外的一切權利，各省民政使與按察使等受省長管轄，且暫時保留稱號不變。
如此一來，各地部隊不再受各省直接管轄，但為了維持治安，各省有權調集警察。這也涉及到了一個龐大的改革，就是巡捕製度改革為警察製度的問題。好在曹躍在西北已經實行了四年的警察製度，此時需要改革的時候，曹躍一紙調令，從西北陝西、青海和甘肅向外調派了兩千警察協助全國進行經查製度改革。而警察製度是受到各地衙門捕頭們的歡迎的，因為捕頭們搖身一變成為了警長，從此之後不再是縣令們的私人雇員，也不會發生下一任縣令到來之後隨即解雇捕頭選用自己的心腹。
從此之後，捕頭們（警長）和衙役巡捕們（巡警）吃上了公家飯，一切薪水由省裏負責開銷，從一方麵斬斷了三年清知府十萬雪花銀的臂膀。
大清國的改革如火如荼，曹躍忙得心力交瘁，他著實是覺得自己實在是太忙碌了，也難怪曆史上的皇帝們都早死，一個個累得不行不死才怪。當然也不排除皇帝們不務正業天天縱情於美女後宮的。