蔣介石的背叛，並非意外，當他口頭頌揚著革命的時候，已漸漸地開始出賣革命，一心想和張作霖、孫傳芳共流合汙。他的革命事業，已經結束了。就革命而言，定了死刑。背叛了革命，從此他是中國工人階級的敵人。過去他是我的父親、革命好朋友。去了敵人的陣營，現在他是我的敵人。
做出同樣選擇的還有馮洪國，當他得知自己的父親響應國民黨的“清黨反共”政策後，在1927年8月20日的《真理報》上發表聲明，與父親斷絕一切關係。
蘇共中央也曾通過莫斯科中央大學的共產黨支部，要求馮弗能與馮玉祥劃清界線。沒料到，馮弗能堅決不願與父親反目。在政治和親情麵前，她選擇了親情。
“四一二”政變意味著國共第一次合作的終結，也意味著中國國民黨與蘇聯當局的蜜月走向了盡頭。第三國際東方部和蘇聯當局采取報複政策，一麵解散“國民黨旅莫支部”，一麵在中山大學發布通知：國民黨員留學生可自願選擇留校或在一定期限內提出回國申請。
通知發布後，共有一百七八十人要求回國，中山大學決定分四種回國路徑分批遣送這些學生。至1927年8月下旬，國民黨籍的學生幾乎全部被清退並遣返回國。
馮弗能也在要求回國成員之列，並試圖勸說蔣經國與她同行，蔣經國拒絕了。不僅如此，蔣經國還在1927年7月向莫斯科中山大學黨委會寫了一封自白書，宣布斷絕與馮弗能的夫妻關係。他在自白書裏聲稱，“她想對我加工（改革思想），我也曾對她加工”——暗指馮弗能是國民黨派來監視、影響他的。
1928年5月25日，馮氏兄妹終於獲準回國。此後，蔣經國與馮弗能終生不複相見。
留在蘇聯，很難說是好是壞。沒有選擇與妻子一同回國的屈武，和左權、劉雲等5人被保送到莫斯科伏龍芝軍事學院學習。但在1928年夏天，於芝秀以“通共”罪名被國民黨清黨委員會拘捕，經國民黨元老李烈鈞出麵保釋，她才得以出獄，同時被迫公開發表聲明，與屈武斷絕了夫妻關係。
至於已經公開與蔣介石“決裂”的蔣經國，蘇聯當局並不打算讓他回國，幾次駁回了他的回國申請，“讓蔣經國回國，他一定會成為蔣介石的得力助手。”
實質上，蔣經國成了“質子”。
第四類布爾什維克
應該說，蘇聯當局還算“優待”蔣經國。從莫斯科中山大學提前畢業後，蔣經國先在莫斯科軍事特種技術學校進修，半年後被保送進入列寧格勒托瑪卡紅軍軍政大學學習。
1929年12月，蔣經國被接受為蘇共第四類布爾什維克黨員——所謂第四類，指的是“人民敵人”的子女。
1930年，蔣經國曾有一次機會回國。那時，他以全班第一名的成績從軍政大學畢業，以至於斯大林指示蘇共中央有關部門與中共駐共產國際代表商議，準備把蔣經國派回中國，參加中共領導的紅軍。但是，中共駐共產國際代表拒絕了斯大林的建議。
蔣經國到紅軍工作的請求也落了空。他被派到莫斯科的狄拿馬電氣廠當機械工具操作工人，共產國際要他“體驗無產階級的生活”。
他的一舉一動都必須通過莫斯科決定，並受到密切監控。
陷入失望不滿情緒的蔣經國，又惹上另一場政治風波。1931年，他的中山大學同學、已經是中共駐共產國際代表的王明來到蘇聯，兩人在一次會議上發生口角。勃然大怒的王明，指稱蔣經國為反黨、反蘇維埃、反革命的“托洛茨基派”，要求蘇聯嚴懲。
恰逢彼時九一八事變爆發，中、蘇、日三國之間的形勢緊張、微妙。蘇共中央出於政治鬥爭需要，對蔣經國采取了保護措施，隻是把他安排到莫斯科郊外石可夫集體農場勞動。第二年，他被送到西伯利亞的阿爾泰地區做工。
意外的轉折
蔣經國留蘇，父親蔣介石表麵上自稱“寧可絕後”，但終歸血濃於水，在其日記中留下了真實想法：“餘近來甚為我經兒憂慮。嗚呼！經兒為吾母所最疼愛者，餘乃棄之於外邦。中正不孝之罪，於此為甚。”