壽永二年七月二十五日，京都建禮門外，一支車隊從皇宮內裏出來，車隊最前方的騎馬者為三位中將平重衡，車隊之中有三輛馬車，第一輛馬車拉的轎裏是當今天皇之生母建禮門院德子，第二輛裏是年僅三歲的天皇安德帝，特別是這第三輛，轎子裏原本應該是後白河法皇，但是法皇去了比敘山，這第三輛馬車裏不是人，而是一些比人更加貴重的物。
車裏有三個精美絕倫的木盒其中裝著象征著皇統，日本王家代代相傳的三件國寶，亦稱三大神器。八尺鏡，八阪瓊勾玉和草雉劍。
這一隊人的目的地是六波羅，在那裏平氏一門老小已經整理完全，這是平氏棄都西逃的前夜。為了不讓即將進京的義仲軍得知平家將要棄都後而走不脫，平家的棄都計劃是非常隱秘無聲的進行著的，甚至選擇在二十五日淩晨離開，連京都的百姓也沒有感覺到他們的離去。
平家此去基本上把能夠帶走的都帶走了，不隻是軍隊，還有皇宮寶庫裏的財寶，清盛生前巨累下的金銀，還有糧食，內裏之中幾乎空無一人了，天皇與天皇之母隨平家西逃，法皇逃往比敘山，至於那些公卿們有的四散逃命，或追隨平家，或追隨法皇。
平家將京都乃至近畿的武備力量全部帶走了，以京都為中心的廣大地區宛如成了不設防，無人管理的地帶，盜賊四起，治安混亂。
義仲率五萬軍入京，之後法皇也從比敘山歸來，召回了一些流亡的公卿，京都臨時政府算是成了。義仲沒有料到平家走的這麼徹底，留給他一個空城。
義仲的五萬軍隊被法皇驅使去負責京都的治安，義仲宣布向法皇稱臣，但是，義仲入京後不久君臣關係就宣布破裂。引發法皇與義仲矛盾的是皇位繼承問題。
安德帝西逃，安德帝是受已經被定為亂賊的平氏擁立的天皇，本一開始就是權勢滔天的清盛獨斷擁立的，法皇自始至終都不承認，現在平家已經離開京都，國不可一日無君，法皇決定選出新的天皇。
法皇有意在已故的兒子高倉上皇的兩個皇子惟明親王，尊成親王中選出一人為新的天皇。但是，在得知法皇要另立天皇時，義仲跳出來推舉以仁王的皇子北陸宮。
義仲在北陸起兵在大義上就是擁立北陸宮為旗號的，北陸宮在京都沒有任何聲望，完全是義仲的傀儡，如果北陸宮坐上天皇之位那自己宛如第二個平清盛。
義仲這點小心機是個明眼人都能看出來，何況是老奸巨猾的法皇。
武士介入皇位繼承一直都是為王家所反感的，法皇與義仲都不願讓步，兩人因此結下矛盾，最後，高倉上皇的第三皇子尊成親王得到了法皇的寵妃丹後局和法皇近臣右大臣九條兼實的支持，義仲不得不放棄由北陸宮即位的念頭。
八月二十日，尊成親王即位是為後鳥羽天皇。
雖然義仲後來承認新帝但是，義仲已經遭到法皇一方人的反感。
後白河法皇曾對近臣說道。
“義仲為人粗野，不識禮法，日後恐做出荒亂之事，宜迫他遠離京都”
實際上自治承四年開始到壽永二年京都一帶頻頻爆發饑荒，平家西逃之時將京都的餘糧幾乎全部帶走了，義仲的五萬軍隊入京後，軍糧成了大問題。
義仲沒有想到這個問題，他的根據地北陸距京都路途遙遠，供給跟應不上，義仲曾向法皇求取軍糧，法皇不予理會，義仲一氣之下下令軍隊四處搶糧。
五萬餓瘋了的軍隊在京都附近地區胡作非為。搞的近畿如同地獄般混亂不堪，源氏的武士隨意燒殺搶劫和追捕百姓，強行割取百姓的稻穀，搞的民怨四起，義仲甚至連神社下屬的莊園都不放過。後來公卿也成為了受害者。公卿的家如同被劫掠般的翻了個底朝天，義仲造成的禍亂與當年延曆寺強訴引發的動亂程度不相上下。
聽到義仲的軍隊在京都胡作非為的事後，法皇大怒命令義仲立即下令製止，但事實上京中守護軍並不都是義仲的部下，而是由源行家和安田義定、近江源氏、美濃源氏和攝津源氏等各國的源氏武士組成的雜牌軍，義仲也無法管理他們。
義仲回報法皇軍隊不能沒有糧食，表示他默許了下麵的武士的所作所為，這標誌著義仲同法皇的決裂。