秦末漢初，原居河西走廊的一部分月氏人遭匈奴沉重打擊，退保南山(今祁連山)一帶，史稱“小月氏”，他們與祁連山地區羌人交錯雜處，逐步發展了畜牧業，培育出優良畜種——犏牛和藏係羊。霍去病擊敗匈奴後，提倡當地羌人發展養馬業，自此門源地區以盛產名馬而著稱於世。但隨著漢王朝勢力不斷深入青海，祁連山地區的原始草原生態文化遂被逐步改變。自漢武帝河西建郡起，隨著大規模移民實邊、屯墾開發的進行，祁連山區的天然植被被大麵積地砍伐破壞，該地區的森林景觀一度遭到破壞。漢宣帝時趙充國率軍在祁連山南麓浩門河(今大通河)、湟水流域一帶屯田，兩漢在此且耕且戰，農業生產得以發展。而這些人類活動給祁連山南麓生態環境帶來的負麵影響也可想而知。此時，祁連山南麓雖出現了農耕文化的影子，但區域生態環境仍然為草原生態係統占主導。
2.魏晉南北朝至隋唐時期
魏晉以來，特別是十六國至南北朝時期，祁連山南麓先後經曆了前涼、前秦、後涼、南涼、西秦、北涼、吐穀渾等政權的交替統治。隨著這些政權迅速更迭，戰火頻仍，祁連山南麓草原森林大量被毀。同時，這些政權也相繼積極推行輕徭薄賦、勸課農桑的農業政策，對包括祁連山南麓的廣大河西地區的農業發展產生了積極意義。隋煬帝大破吐穀渾，將屯田製度從今青海一帶向西推進了一大步。這些使得祁連山地區生態環境開始由自然草原生態係統逐步向半自然農田生態係統演變，但比較緩慢。
另一方麵，蒙古草原的鮮卑吐穀渾人的到來，引起了祁連山南麓遊牧生產結構的重大變化，他們不僅引進了蒙古草原先進的遊牧方式和生產經驗，也引進了蒙古草原的主要畜種蒙古馬，引波斯種畜，改良牲畜質量，培育出良種馬種“龍駒”和“青海驄”。至隋唐之際，這裏成為隋唐政府馬匹的主要供應地。但隨著人畜數量的大幅度增加和民族間戰爭的頻繁發生，該地區的草原生態遭到嚴重破壞，草原承載力下降，迫使吐穀渾人和羌人大多內遷。
3.宋至元明時期
唐朝末年，祁連山南麓為河湟吐蕃唃斯囉的青唐政權所控製。宋代青唐時期，青海包括祁連山南麓自唐末五代以來因戰亂遭受嚴重破壞的農牧業經濟逐漸得到了恢複和發展，畜牧業仍占據主導地位，而養馬業尤為發達。因此，蒙古族再次從蒙古草原進入青藏高原，青海草原重新煥發生機。南宋寶慶三年(1227)，成吉思汗所部蒙古軍占領青海北部地區。紹定二年(1229)，成吉思汗第三子窩闊台即汗位後，將青海、甘肅及河西走廊原屬西夏國境界劃歸給其次子闊端，封為西涼王，又稱永昌王，在門源縣地皇城灘築避暑行宮，名“斡爾朵城”。此地又叫黃城灘、大草灘，也曾是匈奴，和回鶻人的牧地。清人梁汾所著《秦邊紀略》雲：“其草之茂為塞外絕無，內地僅有。”藏族史詩《格薩爾》中說該草原是“黃金蓮花草原”；而蒙古人稱之為“夏日塔拉”，意為“黃金牧場”。
明代以來，因各類屯田的開展，青海地區以牧業為主的各少數民族大多處在向以農業為主的經濟類型的轉化過程中。但在祁連山南麓，畜牧業仍居於主導地位。元明政府積極興辦官營牧場，發展茶馬貿易，致使養馬業得到空前發展。
(三) 半農半牧、農牧結合生態環境階段(公元17世紀至今)
明清以來，回、漢民族不斷移入祁連山南麓，墾殖業始有發展，至民國末年，形成了半農半牧、農牧結合的生產狀況。
1.清朝至解放前夕
祁連山南麓農業墾殖，真正始於明代。明洪武六年(1373)，實行“上馬為軍，下馬為耕”的政策，首由軍隊屯駐墾殖，主要從事飼草料生產。繼而，隨著移民實邊政策的推行，首批回、漢民族入居，農業得到進一步開發。清順治十六年(1659)，蒙古族首領麥力幹於此地大量開地伐木，大營宮室，使其長子南力木居之。南力木收集流亡400餘人，在三角城(今門源克圖口)——討拉一帶開荒種地，以後因戰事，種植業幾經荒廢。羅布藏丹津事件後，門源設大通衛，該衛前總鎮馮允忠在黃田一帶撥兵試種，耕種尚未成功。至乾隆二十六年(1771)，為畜牧業服務的種植業才真正得到複蘇。乾隆至嘉慶年間(1736～1820)，隨著人口的增加，大量的遊牧基地被開墾，耕種技術隨之改進。
民國時期，祁連山南麓的農業生產規模較清代有了較大的發展。墾種地域由川水地發展到淺、腦山地帶。民國二十七年(1938)，青海省政府推行墾務，驅使門源、大通、互助的壯丁及士兵，在門源地區的西灘簸箕灣等淺、腦山開墾荒地，後作價賣給當地平民。至1949年門源解放時，全縣耕地麵積達28萬畝，其中糧油播種麵積達15.5萬畝。自明代至民國末年的570餘年中，祁連山南麓農業經曆了軍屯轉為民屯，以牧業為主—半農半牧—以農為主、農牧結合的裏程。
2.新中國成立後的40年
解放前，作為生產資料的牲畜和草原絕大多數被牧(地)主、部落頭人及寺院占有，而人數占90%以上的貧苦牧民隻占有牲畜的10～20%，且沒有固定草場。畜牧業長期處於逐水草遊牧、粗放、亂牧的原始狀態。解放後，人民政府采取 “不分不鬥，不劃階級，牧工牧主兩利，全麵發展生產”的政策，逐步對牧業進行了社會主義改造，積極引導牧民群眾走互助合作的道路，對牧主采取贖買政策，建立公私合營牧場。解放初推行四季輪牧。50年代後期，由於草場劇減，牧區實行冬春、夏秋二季輪牧。牧區冬春草場由10月上旬至第二年6月中旬，放牧285天左右。夏秋草場放牧6月中旬至10月中旬，放牧120天左右。針對冬春草場放牧時間長，超載量過重的情況，采取上午吃殘、下午吃鮮、逐日蠶食的辦法節約用草。“文革”後又采取了圍建草庫倫的圍欄保護措施，較好地保護了植被。但在1958年“以糧為綱”的路線指引下，盲目毀草毀林開荒，草原麵積急劇縮減。在極“左”路線指導下，實行“政治工分”、“標兵工分”，禁止群眾個人養畜，使群眾的畜牧生產積極性受到挫傷。十一屆三中全會以後，撥亂反正，推行“草場公有，承包經營，牧畜作價歸戶，戶有戶養”的聯產承包責任製，並將冬春草場的使用權固定到戶，夏秋草場按圈窩落實到戶，農業區的各類草場落實到社、村，實現了牲畜、草場雙層承包責任製，使畜牧業生產得到了迅速發展。