以前年度發生的資產損失追補確認期限延長
企業以前年度發生的資產損失未能在當年稅前扣除的，可以按照本辦法的規定，向稅務機關說明並進行專項申報扣除。其中屬於實際資產損失，準予追補至該項損失發生年度扣除，其追補確認期限一般不得超過五年。特殊情況：因計劃經濟體製轉軌過程中遺留的資產損失、企業重組上市過程中因權屬不清出現爭議而未能及時扣除的資產損失、因承擔國家政策性任務而形成的資產損失以及政策定性不明確而形成資產損失等特殊原因形成的資產損失，其追補確認期限經國家稅務總局批準後可適當延長。
新增彙總納稅企業資產損失稅前扣除
總機構及其分支機構發生的資產損失，除應按專項申報和清單申報的有關規定，各自向當地主管稅務機關申報外，各分支機構同時還應上報總機構。說明分支機構的資產損失需要進行雙重報送，屬地管理與彙總管理的有效結合，體現效率原則。
反避稅原則
《辦法》第九條，下列資產損失應以清單申報的方式向稅務機關申報扣除：（一）企業在正常經營管理活動中，按照公允價格銷售、轉讓、變賣非貨幣資產的損失；（二）企業各項存貨發生的正常損耗；（三）企業固定資產達到或超過使用年限而正常報廢清理的損失；（四）企業生產性生物資產達到或超過使用年限而正常死亡發生的資產損失；（五）企業按照市場公平交易原則，通過各種交易場所、市場等買賣債券、股票、期貨、基金以及金融衍生產品等發生的損失。新增“在正常經營管理活動中，按照公允價格銷售、轉讓、變賣無形資產、在建工程以及銀行抵債資產的損失”，刪除了兜底條款，另外對於金融商品買賣場所的規定予以放寬，且增加了買賣期貨發生的損失。增加按獨立交易原則向關聯企業轉讓資產而發生的損失資料要求，《辦法》規定，企業按獨立交易原則向關聯企業轉讓資產而發生的損失，或向關聯企業提供借款、擔保而形成的債權損失，準予扣除，但企業應作專項說明，同時出具中介機構出具的專項報告及其相關的證明材料。
取消限製條件
《辦法》第十七條，具有法律效力的外部證據，是指司法機關、行政機關、專業技術鑒定部門等依法出具的與本企業資產損失相關的具有法律效力的書麵文件。公告對第六項取消了限製條件，即國家及授權專業技術部門的鑒定報告。刪除了“數額較大、影響較大的資產損失項目，應聘請行業內的專家參加鑒定和論證”的要求。
逾期應收賬款扣除標準
《辦法》第二十四條，企業逾期一年以上，單筆數額不超過5萬元或者不超過企業年度收入總額萬分之一的應收款項，會計上已經作為損失處理的，可以作為壞賬損失，但應說明情況，並出具專項報告。舊辦法第十七條逾期不能收回的應收款項中，單筆數額較小、不足以彌補清收成本的，由企業作出專項說明，對確實不能收回的部分，認定為損失。公告對舊辦法進行了改造，逾期應收款項或者不超過企業年度收入總額萬分之一強調“一年以上、單筆、專項報告、由稅務局來批”。《辦法》第二十三條，企業逾期三年以上的應收款項在會計上已作為損失處理的，可以作為壞賬損失，但應說明情況，並出具專項報告。
證據變化
《辦法》明確收取假幣造成的現金損失應當提供金融機構出具的假幣收繳證明，需要提供存貨計稅成本的確定依據，且未對殘值情況說明作出要求。保險索賠屬於責任人賠償的部分內容，不再單獨列示。明確了需要提供存貨計稅成本的確定依據，另外對於向公安機關報案的，無需再提供公安機關立案、破案和結案的證明材料。明確了需要提供固定資產的計稅基礎相關資料。
取消股權投資損失中可收回金額5％
舊辦法第三十八條，企業的股權（權益）投資當有確鑿證據表明已形成資產損失時，應扣除責任人和保險賠款、變價收入或可收回金額後，再確認發生的資產損失。可收回金額一律暫定為賬麵餘額的5％。《辦法》第四十二條，被投資企業依法宣告破產、關閉、解散或撤銷、吊銷營業執照、停止生產經營活動、失蹤等，應出具資產清償證明或者遺產清償證明。上述事項超過三年以上且未能完成清算的，應出具被投資企業破產、關閉、解散或撤銷、吊銷等的證明以及不能清算的原因說明。舊辦法中可收回金額5％已取消。