在內府設立直屬南書房和軍機處，招文武重臣入值南書房，設立了專門的區域和樓閣，商議國家大事，擬定政令的基本內容交中書省完善，同時，三省主官均為南書房協辦大學士，而直屬遼王的軍機處，兵部負責行政領導，而作戰訓練由軍機處負總責。
遼王府外府，設立尚書省、中書省、門下省，分別負責政令的執行、政令的製定、政令的審核。
尚書省下設吏、禮、戶、兵、工、刑六部、大理寺、太仆寺、國子監、欽天監、翰林院、內務府、都察院等十三個機構，尚書、中書、門下三省分立，各自負責各自的任務，以此來完成整個政權的運作。
任命陳浩若為南書房大學士兼遼國政務總督辦，總理遼國政務，韓賓為軍機處軍機副使兼北府軍大都統，魯平為尚書省尚書仆射、陽裕為中書省中書侍郎、張敬為門下省侍中，四人同時擔任南書房協辦大學士，任命嶽布為軍機處遼軍都督，段遠山為副都督，陸卓遠為遼軍關寧軍大都統，冉瞻、哈齊兒為關寧軍左右都統。
任命程傑為戶部尚書、玄布大和尚為工部尚書、王浩為吏部尚書、趙平為兵部尚書、張離為禮部尚書、劉群為刑部尚書，王累為太仆寺卿、崔濬為大理寺卿，陳征為都察院左都禦史，陳浩若兼任內務府總管，尚書仆射魯平兼管翰林院，遼東名士楊安出任國子監、王鶴擔任欽天監。
而在地方上，調整設立遼王六府，遼東府，駐盛京；遼西府，駐寧遠；北平府，駐北平；黑水府，駐寧古塔；高麗府，駐丸都城；吉林府，駐龍城。
任命程遐為遼東府知府、徐光任遼西府知府、孟卓任北平府知府、崔濬為黑水府知府、張班為高麗府知府、張班為吉林府知府。
軍機處下，設立關寧軍和北府兵、千戶軍，關寧軍由虎賁軍和乞活軍合編而成，擁有十六營八萬精銳，北府兵則是地方守軍和邊兵，六府各一營共六營三萬餘人，而在盛京的北府兵則編組為北府京營四營兩萬人作為守軍存在。
而千戶軍則全部編入大營，遼國設立寧遠、北平、黑水、白山、龍城五個大營，寧遠大營、黑水大營、白山大營與龍城大營各擁有四營北府兵兩萬餘人，北平大營擁有六營北府兵三萬餘人，五大營擁有二十二營北府兵十一萬人。
任命黃夢傑為北平大營行軍大總管、段文鴦為副總管；任命鍾炎為寧遠大營行軍大總管、段匹襌為副總管；任命楊傑為黑水大營行軍大總管、王烈為副總管；任命劉傳為白山大營行軍大總管、楊開遠為副總管；任命仲玄為龍城大營行軍大總管。