進一步完善財政轉移支付製度，有效平衡區域之間的人均財力，減少稅收返還，可考慮將減少的稅收返還部分用於增加一般性的轉移支付。作為一種有條件補助形式，專項轉移支付在調控經濟優化地方財政支出結構，引導地方財政資金投向國家重點支持的事業等方麵，具有一般性轉移支付無法替代的作用，因此，需要進一步重視專項轉移支付的效用和監督管理。盡快調整專項轉移支付中的地方配套製度，提高專項轉移支付資金的效率，對歸屬於中央政府的職責，應取消地方政府的配套，而屬於地方政府支出責任範圍的，應取消中央政府的專項轉移支付。要在遵循經濟發展規律和測定的基礎上，分領域、分階段地提高均等化水平，以降低改革成本，減少改革失誤。
每項轉移支付均應製定管理製度，規範轉移支付製度意味著提高分配的透明度。轉移支付的分配必須改變決策主觀、操作模糊的做法，製度設計要保證資金分配公開、公平、公正，及早下達資金預算。對一般轉移支付資金的分配要嚴格通過公式測算，公式設計、方案、指標選擇要科學合理，公開透明；對專項轉移支付資金的分配要製定明確的資金使用績效目標，要規範項目申報條件和評審過程，確保程序公開和機會均等，要加強對專項轉移支付資金使用效果的跟蹤檢查，並作為次年的分配依據，保證資金使用效果。
四、實現轉移支付分配向績效導向型轉變
財政轉移支付最終會表現為財政資金的使用。轉移支付的分配應當以績效水平為最終歸宿，在關注支出和投入的同時，更要關注產出和績效問題。轉移支付資金使用者需要為轉移支付主體和公共支出的受益者就資金的完整性和績效負責。轉移支付的設計應當為正確的財政管理提供激勵而不是鼓勵無效率或低效率的行為。建立財政轉移支付正向激勵機製的途徑，應該是保持轉移支付規模與結構的合理性，使分配方式公正、透明、恰當地運用配套補助的方式，使配套補助既能夠引導地方政府的責任意識和具體參與，也不至於增加地方政府的邊際負擔水平。
五、完善政府間財政轉移支付製度中的機構設置
我國轉移支付的實施主體不僅包括財政部門，也涉及民政等多個其他政府部門。掌握和分配轉移支付撥款的單位有財政部的一些專業司局，也有中央部委。針對這種多頭管理，權責不清的狀況，要完成各級政府間複雜的財力轉移支付，特別是確定和調整中央與地方政府的轉移支付關係，必須有一個專門的決策和執行機構來具體負責，進行轉移支付方案的確立及資金的撥付，從而提高轉移支付效率，降低監督管理的難度。因此，應當由中央政府組建的專門機構行使其職能，該機構應由兩部分組成，一是專門委員會，二是設在財政係統內部的執行機構。
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