財政國庫集中支付製度的實施對高校財務基礎工作的要求更高了，所以各高校為了適應新的形勢要求，財務部門必須在原有基礎上不斷提升財務基礎工作的水平。第一，高校財務部門必須建立較完善的內控製度，包括崗位責任製和稽核製度，規範財務業務流程，細化財務操作方法，並且要對各崗位人員處理財務業務所需的時間進行明確規定；第二，財務人員要加強會計電算化以及網絡應用的學習，由於財政國庫集執行的，這就需要財務人員具備相應的計算機和網絡知識，以便順利操作使其盡快熟悉和掌握國庫集中支付的操作程序，弄清支付各環節要做的具體工作和時間要求，確保用款計劃的及時上報和支付申請的渠道暢通；第三，高校財務人員要熟知掌握財政國庫集中支付體係的操作流程和方法，以提高工作效率；第四，高校財務部門還應該建立全麵的額度對賬製度，在認真處理各項賬務工作的基礎上，定期與銀行及相關部門做好對賬工作。
（二）完善會計核算體係
高校的財務部門不僅僅要加強思想認識的深度，還要進一步完善會計體係的核算，主要包括以下四方麵：首先，完善零餘額賬戶的設置體係。自實行國庫集中支付製度後，各高校的資金申報程序比較繁瑣，資金的使用收到了製約，各高校需開設零餘額賬戶體係。零餘額賬戶體係可以由一個總賬戶和若幹個分賬戶組成，一般情況下，各高校至少要設置一個零餘額的總賬戶，其用於財政撥付授權額度的接收和授權額度的支付。當財政部門將授權額度打到高校在總賬戶後，總賬戶可以自由的把總賬戶的資金分散到各個分賬戶之中。雖然總賬戶和分賬戶、分賬戶和分賬戶之間的資金可以自由流動，但資金流動要受財政部門的監控。這樣既解決了高校的資金調度權受限製的問題，也使高校的資金流向仍然受到財政部門的監控。其次，完善會計的核算基礎。麵對高等院校在實行國庫集中支付製度後存在的高校以其他形式籌措的資金無法正常使用的現象，高等院校應當積極改進會計核算的基礎，將這部分資金如實的反映在高校的正常收入範圍之內。同時，將權責發生製引入高校會計核算之中。有利於防止財務風險，加強高校的負債管理。再次，完善財務預算管理機製。財務預算管理是財政國庫支付製度的前提和核心內容。財務預算是指針對自身院校在的現金收支、財務狀況等情況進行預期估計，在此基礎上製定出相應的計劃。財政國庫集中支付管理製度改革後，預算執行的會計主體任然是各高校，因此，高校的財務管理，尤其是預算管理顯得尤為重要，在原來的基礎上應該更加加強預算的管理地位。國庫集中支付製度和部門預算是相互依靠、相輔相成的，即使目前很多高校都建立了財務預算製度，但是還有很多有待完善地方。比如進一步細化預算科目、部門預算製度需要全麵推進等等，各高校應該細分預算科目，將發生的每筆業務都有相應的科目相對應，把預算細分到各個部門、單位和項目。這樣才能夠使所有財政性資金的支付都建立在明細的預算基礎上，使財務預算執行起來具有嚴肅性和有效性。最後，加強監督製約機製。較強的財務監督製約機製能夠使財政國庫集中支付製度更好的實施，財務監督要改變以前的單一的事後監督，轉變為全過程監督，將事前的監控審查、審批與事中、事後的檢查、審計更好的相結合，及時發現影響財務資金使用安全的行為。此外，建立規範有序的監督機製，提高監督質量。逐步建立財務監督和管理決策的銜接機製，提高監察信息的使用效率，建立事前審查與事中、事後抽查相結合的連續性的檢查方式，可以將大量財務監督信息與校園財務信息網絡相連，及時反饋到管理決策係統，為提高財務決策的科學化服務。此外，反饋的監督信息，不僅可以及時反饋到管理的決策係統，還可以設計研發出一套定期向高校領導反饋財政收支狀況的信息係統，同時將信息的選擇與高校整體財務狀況緊密聯係，有利於高校領導能夠及時地根據發現財務狀況出現的變化，及時地作出正確的判斷，將財務損失努力降低到最小。
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