3.運營機製不規範
鄉鎮衛生院醫療管理費用主要包括：各醫藥部門管理費用、涉及醫療糾紛的處置費用、各領導層的業務招待費用、特困戶醫藥費用拖欠及醫療廣告宣傳費用等。這些鄉鎮衛生院正常運營的費用沒有得到有效、科學、合理整合控製，導致衛生院的整個運營成本不斷的飆升，國家財政撥付鄉鎮衛生院的醫藥款項越來越大，但是有些衛生院卻出現了負債的情況，鄉鎮衛生院缺乏必要的財務管理手續和完善的財務監督程序，使得在正常衛生院運營模式下出現非正常債務負擔情況。
二、實現財政經費撥款到鄉鎮衛生院之前的醫藥經費預算
在政府相關部門將下一周期的財政款項批複給鄉鎮衛生院之前。衛生院領導、行政、財務等管理部門，充分結合鄉鎮衛生院的現階段醫藥體係和條件，將接下來政府部門撥付的基本公共衛生經費予以分專業、分部門、分科室進行分類預算，根據預算部門的相關預算款項，城鎮衛生院對國家預期撥付的款項按預算級次進行管理。衛生院的任何一項開支都會受前期財務預算的控製，這樣更好的保證了鄉鎮醫院的正常運營體係，同時，更有效的避免了醫藥經營管理過程帶來的負債，專業的將鄉鎮衛生院的資產負債比例進行平衡，有效地降低負債增加財務監管下的資產比例。
三、鄉鎮衛生院財務監管應建立費用控製體係，強化資金流出的管理
鄉鎮衛生院的運營資本來源於國家財政的撥入，事業性單位不以盈利為目的，財務製度與盈利性企業不同，財務費用的監管需要專業的財務管理模式。
每一個相關衛生院應針對自己的運營模式營造自己獨立的費用控製環境，財務部門將費用控製考核體係作為對鄉鎮衛生院經營管理的一項重頭戲，應建立專門的科學的費用控製體係，健全費用的審核、審批監督手續，明確各個控製環節相關人員的管理權限和責任，嚴格把控費用實現責任到人；鄉鎮衛生院的內部人員考核製度和評價指標也應設置費用控製相關內容，以完善鄉鎮衛生院各部門、各個科室的經濟核算，使衛生院各部門從上到下都能夠更好的意識到自己控製運營醫療費用的重要性，這樣才能使得費用控製執行獲取結實的基礎環境；同時，國家上級主管部門在對鄉鎮衛生院下達任務指標的時候，將費用控製作為對院領導任期和提升業績考評的重要內容之一，這樣可以更好的加強管理層的費用管理意識，這樣國家財政相關部門就可以宏觀的調控鄉鎮衛生院的費用體係。國家相關部門到衛生院領導再到衛生院相關部門整體上整合費用管理目標，實現對費用控製的政策導向。
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