同業拆借市場是中國貨幣市場中發展最早的一個子市場，但是相對於海外市場經濟國家來說，中國的同業拆借市場並不是一個標準的貨幣市場，其在建立之初的種種違規現象說明該市場最初的目的不是為了流動性管理的需要，而是為了通過頻繁的短期拆借活動融通長期資本，將短期資金長期化使用，從而“合理”地將資金從國有銀行體係拆出，規避貨幣當局的信貸規模控製。這種功能的異化情況在1996年全國統一市場建立之前表現明顯。可以說，中國的同業拆借市場是在不正規的銀行體製、不發達的金融市場、不健全的銀行準備金管理製度以及不完善的中央銀行監管體係下產生發展起來的。盡管從1996年以來同業拆借市場的發展有目共睹，但其存在的問題也不容忽視。
一、市場主體缺位
為了維護同業拆借市場的秩序，中國人民銀行依法對同業拆借市場進行監督管理。金融機構進入同業拆借市場必須經中國人民銀行批準，從事同業拆借交易也接受中國人民銀行的監督和檢查。雖然目前我國銀行間同業拆借市場成員已經涵蓋了政策性銀行、商業性銀行（含國有獨資銀行、股份製銀行、城市商業銀行、外資銀行）、保險公司、證券公司、基金管理公司、農村信用聯社、財務公司等金融機構，但外資的非銀行金融機構以及國內眾多的小型金融機構根本無法進入這個市場，這就在某種程度上造成了該市場主體的缺位，即市場交易缺乏一般代表性，交易價格也缺乏市場性。而且由於我國金融體係仍是以銀行為主導，因此四大國有控股銀行對資金市場的實際壟斷也表現在其對同業拆借市場的主導地位上。
2009年2月，全國銀行間同業拆借中心發布的2008年度全國銀行間同業主借市場交易量100強及交易活躍前100名名單中，可以看到，商業銀行在該市場中占據了主導地位，其中：中、工、建、交等四家商業銀行處於前十位。同時也可以看出盡管其他金融機構（特別是外資銀行）的交易相當活躍，但由於自身資本的限製，它們在中國銀行間同業拆借市場中的影響程度還很小。
二、市場交易機製不健全
我國同業拆借市場交易機製的不完善主表現為以下兩點：
1.直接交易方式比重大，信用風險依然存在。由於我國缺乏健全的市場經紀製度，自1998年中國人民銀行融資中心撤銷後，經紀組織的缺位就導致了我國同業拆借市場交易以直接交易方法為主（我國目前引入的貨幣經紀公司隻有兩家，且業務以非人民幣拆借為主）。而直接交易方式由於交易雙方存在必然的信息不對稱性，隨著交易主體、交易幣種、交易規模的不斷擴大，由此帶來的風險會不斷加劇，信用風險造成的的損失可能加大。
2.強製性統一的電子交易係統一定程度上降低了市場效率。我國目前統一的銀行間同業拆借市場是1996年依托全國外彙交易中心的交易平台建立起來的，同業拆借交易必須在全國統一的同業拆借網絡中進行，這種製度的安排的初衷當然是為了加強貨幣當局對該市場的監管，但由於貨幣經紀的缺失和代理行業務的不健全，這種製度已經實際上把中小金融機構摒棄在這一電子交易係統之外。中小金融機構的融資需求大多需通過網外交易才能完成，這既降低了市場效率同時也從另一方麵加大了市場風險。