董輔礽經濟科學發展基金會注冊成立（2004年12月31日）後不久，於光遠、厲以寧等學者提議基金會設立一個旨在推動中國經濟理論創新的經濟學獎項。
2005年3月27日，董輔礽經濟科學發展基金會（以下簡稱基金會）第一次理事會通過了原則同意設立“中國經濟理論創新獎”的提議，建議對基金會所頒獎項進行認真討論、專題研究，設計出一套嚴格、公平、透明的評審標準及程序。
2006年10月18日，董輔礽經濟科學發展基金會在北京召開了“改革以來中國經濟理論創新回顧”座談會，陳璋、辜勝阻、關敬如、華生、唐宗琨、盛洪、王誠、王誠慶、王紅領、楊雲龍、餘大章、袁綱明、張平、張敬國等到會，對改革開放以來的經濟理論研究成果進行了回顧和探討。
2007年8月10日，董輔礽經濟科學發展基金會、北京大學經濟研究所、中國人民大學經濟研究所、武漢大學經濟研究所同意發起設立中國經濟理論創新獎。
2007年8月29日，董輔礽經濟科學發展基金會理事會換屆，通過了在2008年啟動“中國經濟理論創新獎”的工作計劃。會上原則通過了獎項有關方案，並同意在舉辦該評獎的同時，每年舉辦一個經濟論壇（後正式命名為“中國經濟學家年度論壇”）。
董輔礽經濟科學發展基金會在原設計方案的基礎上，對中國經濟理論創新獎評獎的有關文件進行設計、修改和完善。
2007年12月8日，董輔礽經濟科學發展基金會與泰康人壽保險股份有限公司正式簽訂讚助協議，泰康人壽將向第一屆至第五屆中國經濟理論創新獎提供每屆五十萬元人民幣獎金。
2008年3月，中國社會科學院研究生院加入中國經濟理論創新獎發起單位。至此，中國經濟理論創新獎的發起和組織單位形成。
2008年4月9日，首屆中國經濟理論創新獎暨中國經濟學家年度論壇主辦單位聯席工作會議於2008年4月9日下午在董輔礽經濟科學發展基金會會議室召開。
各主辦單位主要負責人或授權代表、有關人員出席會議。與會人員就“中國經濟理論創新獎”、“中國經濟經濟學家年度論壇”的組織工作、首屆籌備工作進行了協商討論，並通過了《中國經濟理論創新獎管理辦法（章程）》、《中國經濟學家年度論壇組織管理辦法》、《首屆中國經濟理論創新獎組委會和工作機構名單》，確定了首屆中國經濟理論創新獎工作日程，並醞釀了首屆中國經濟理論創新獎評審專家建議邀請名單及首屆中國經濟學家年度論壇主要議題。會議原則上確定首屆“中國經濟理論創新獎頒獎典禮暨中國經濟經濟學家年度論壇”於2008年10月在北京舉行，並確定了具體工作日程。
4月27日，“中國經濟理論創新獎”組委會成員毛振華、陳東升在武漢專程拜訪了享有國際聲譽的著名經濟學家張培剛先生，向張培剛先生介紹了“中國經濟理論創新獎”的籌備情況，並代表主辦單位邀請張培剛先生擔任中國經濟理論創新獎組委會主席，張培剛先生欣然同意並接受了聘書。
2008年4月28日下午，首屆中國經濟理論創新獎組委會第一次全體工作會議在北京招商國際金融中心B座6層會議室召開。主辦單位主要負責人、組委會和執委會成員出席了工作會議。會議討論通過了《“中國經濟理論創新獎”2008年度評獎實施細則》、《首屆“中國經濟理論創新獎”評審專家擬邀請名單（草案）》及中國經濟學家年度論壇主題、首屆中國經濟理論創新獎及中國經濟學家年度論壇工作日程等文件。
2008年4月28日下午，首屆中國經濟理論創新獎媒體懇談會在北京招商國際金融中心B座6層會議室召開，中國經濟理論創新獎組委會正式對外宣布首屆中國經濟理論創新獎評獎工作開始。
新華社、《經濟研究》、《新華文摘》、《中國證券報》、《金融時報》、《中國經濟時報》、《經濟導報》（香港）、《中國經營報》、《21世紀經濟報道》、《每日經濟新聞》、《第一財經》電視台、《環球財經》、《領導者》、《北大商業評論》、《南方周末》、《東方企業家》、搜狐網、騰訊網、金融界網、和訊網等三十多家經濟類媒體、期刊的負責人或代表出席會議。
懇談會由董輔礽經濟科學發展基金會理事長毛振華主持，主辦單位代表董輔礽經濟科學發展基金會副會長華生、中國社科院研究生院院長劉迎秋、北京大學經濟研究所常務副所長楊雲龍、中國人民大學經濟學院副院長劉元春、武漢大學經濟與管理學院院長陳繼勇分別介紹了中國經濟理論創新獎和中國經濟學家論壇的背景和基本情況、章程、組織機構名單、評審委員會範圍標準和評選工作的日程安排等內容。首屆中國經濟理論創新獎獎金讚助人泰康人壽保險股份有限公司董事長陳東升表示，要在目前比較浮躁的社會環境下鼓勵潛心從事經濟研究的人，支持中國經濟理論研究逐步走向世界前沿。
《新華文摘》總編輯張耀銘、《經濟研究》副主編兼編輯部主任王誠、《金融時報》理論部主任劉文林、《領導者》雜誌總編輯喻杉等學術期刊和媒體負責人先後發言，對評獎程序、標準、組織管理及持續發展等問題提出了有益建議，會場氣氛十分熱烈。
2008年5月8日，在多次彙報溝通的基礎上，中國經濟理論創新獎組委會成員、董輔礽經濟科學發展基金會理事長毛振華、秘書長沈曉冰等拜會了基金會的業務主管機關———北京市社會科學界聯合會，並專門彙報了“中國經濟理論創新獎”暨“中國經濟學家年度論壇”的籌備工作。社科聯張兆民副書記表示，改革開放三十年取得的成績離不開經濟理論的創新與指導，作為首都社會科學界的主管單位，社科聯支持下屬機構進行有關理論的總結與評獎，為繁榮首都和全國的社會科學做出貢獻，他表示北京市社科聯可以作為活動審批單位。同時，他希望活動組織嚴謹、穩妥，在政治和社會穩定各方麵都符合程序和要求。他也希望通過“中國經濟理論創新獎”和“中國經濟學家年度論壇”等工作，起到協助北京市社科聯了解經濟學資源情況，對北京市的經濟學資源進行梳理整合的作用。
2008年5月28日，中國經濟理論創新獎評獎網站開通。
2008年5月28日開始，向國內外180多位中國經濟理論領域專家發出“中國經濟理論創新獎評審專家邀請函”和《中國經濟理論創新獎評獎材料》。
2008年5月29日，“中國經濟學與改革發展30年”學術論壇在北京大學英傑學術交流中心召開。這是與“中國經濟理論創新獎”相關的係列學術活動的首場活動，主辦單位的主要負責人到會上作了精彩的講演，並與到會的幾百名師生進行了熱烈的互動。