與浦江清和蕭乾一樣，竺可楨最終也是選擇了留在大陸。之所以選擇留下，並不是因為他“擁護共產黨”，實際上，竺可楨對共產黨不甚了了。在1960年代所寫的《思想自傳》中，他表示：“對於共產黨，我過去的印象統從美國報紙得來。我以為蘇聯是一個獨裁國家，人民完全沒有自由，以為中國共產黨多少受克裏姆林宮的指揮。……我對於老解放區的情形毫無所知，對於--馬列主義更是一竅不通，解放以前甚至不知有剝削這一個名詞。”雖然對共產黨不了解，共產黨當權後會有怎樣的未來也不能知悉，但他還是選擇了留下來，因為他對於國民黨以及國民黨政權已經徹底喪失了信心。他多次在日記中憤憤於國民黨的腐敗無能，認為國民黨“包庇貪汙，賞罰不明”，認為蔣介石是“中山先生的罪人”。對於這樣一個腐敗的黨，一個無能的政權，有什麼理由繼續跟著它呢？應該說，對於長期在國統區生活的知識分子而言，竺可楨此時的心態，也正代表了他們的心態。這一時期大部分知識分子的日記中，大都有關於物價的記錄，“連天飛漲”、“猛漲驚人”這樣的詞語處處可見。在這些記錄中，字裏行間都充滿著對於國民黨政權的失望與憤慨。正是對國民黨的失望促使他們留了下來。
影響知識分子選擇的，除了上述因素，還有一點也不容忽視，那就是浦江清在日記中所提到的“校中空氣”，也就是當時的政治氛圍。據浦江清日記記載：“……至於校中空氣，多數同學本來是左傾的，他們渴望被解放，少數也變為無所謂。教授同人極右派本來想走的，現在也走不成了，多數成為無所謂。”這裏的“無所謂”頗堪玩味。是什麼讓他們變得“無所謂”？是“大勢”，是整個的“左”的氛圍。《紐約時報》1949年6月20日的一篇專稿這樣寫道：“據與北平各大學有關係的中美人士估計，北平一萬多大學生一年前約有半數傾向共產黨，這個比例到今年暑假已增加到70％。教授中亦很多讚成共產黨。有大部分教授本來稍傾向政府的，現在亦憎惡政府，已準備接受共產主義。”由此可見，當時的政治氛圍是傾向共產黨的，許多知識分子就在這樣的政治氛圍中漸漸變得“無所謂”了。
在種種因素的權衡中，天平最終傾向了共產黨。大部分的知識分子最終選擇了留下。據統計，1948年當選的國立中央研究院第一屆81名院士中，有60人選擇了留在大陸或在新中國建立之初回到大陸，占院士總數的74％；隨國民黨去台灣的隻有9人，占院士總數的11％。
繼軍事與政治的戰爭失敗後，在知識分子的爭奪戰中，國民黨再一次淪為敗家