泰雅人載歌載舞歡迎客人，拿出結婚儀式上用的雙杯來敬酒。董作賓不喝酒，李濟喝得也很少，就敬勸幾個年輕人，男主人敬過了女主人來敬。搞田野發掘的一般都能喝酒，還懂得喝酒竅門，結果主人都醉倒了，他們幾個反而沒事。石璋如回憶說：“作田野就不怕喝酒，而我自從四川喝瀘州大曲大醉，已經許久不碰酒以免誤事，這時作田野倒無顧忌，所以喝多了一點。”第二天開始了工作，重點對泰雅人的衣食住行等風俗民情進行調查，經過一段努力，完成了《瑞岩民族學初步調查報告》。
與此同時，原班人馬又加上考古組的高去尋、潘慤等人，在南投的大馬璘、洞角，台中的鐵砧山、營埔，台南的六甲頂，高雄的半屏山，士林的唭裏岸，淡水的江頭，台北的圓山等古文化遺址進行調查和發掘。他們的工作，得到台灣民眾的關注、歡迎與支持，林氏學田就提供經費讓發掘大馬璘遺址，星期天休息日還帶他們遊覽日月潭。圓山遺址的發掘，也是與台北文獻會合作進行。圓山離台北近，發掘規模也較大，記者消息靈通就天天跑工地。董作賓鑒於當年在山東滕縣發掘時有山東大學學生參與，學生下筆快，這邊發掘整理還沒有完畢，那邊報紙上報告就先出來了。就與記者商量達成協議，定期向他們報告情況，不要天天來工地。
調查發掘發現了古居住和墓葬遺址，獲得了石斧、石鐮和陶片等大量遺物，這就確認了文化堆積的層次，給以後整個台灣地區史前文化年代學的建立，奠定了良好的基礎。通過發掘和研究，董作賓和同事們充分認識到，從中國曆史早期的發展和文物考古學的角度來看，台灣與大陸有著不可分割的曆史淵源，正如石璋如所說：“台灣這個寶島，至少在它的西海岸部分，當先史時代已與大陸有關係了。”
董作賓還承擔著《大陸雜誌》《“國立”台灣大學文史哲學報》和《“中央”研究院曆史語言研究所集刊》的編輯任務。１９５０年７月，“中央”研究院院長朱家驊倡議創辦《大陸雜誌》，聘請董作賓為發行人，也就是主持人，號召學術界“本著學術至上的原則，來表達學術的意義”。董在創刊號進一步強調說明：“為了不能忘掉祖國的光榮，為了延續這不絕如縷的學術命脈，為了搶救這勢將中斷的文化係統，為了保護這橫遭摧毀的曆史真跡，才決《大陸雜誌》
定了創辦這一刊物。”要求它成為中外各項學術研究的縮影，“希望它有：參天的古木，如翠柏蒼鬆；應時的芳卉，如春蘭秋菊。我們固然要愛護那唐梅、漢檜，同時也培植些洋槐、番蓮。更希望那桑麻遍野，桃李滿園，麥浪翻風，禾黍油油。”（《大陸雜誌》發刊詞）從第一卷起一直編到第二十七卷第九期（１９６３年１１月１５日出版），即董作賓去世前一周止。董作賓、傅斯年、李濟、李方桂、石璋如、趙元任等史語所同仁和海內外著名學者都為《大陸雜誌》撰稿，使其成為國際學術界極有影響的刊物。《大陸雜誌》在台灣發行五十二年，是台灣地區發行時間最長的刊物之一，於２００２年停刊。最後一任發行人是許倬雲，主編是杜正勝。
《“國立”台灣大學文史哲學報》是台大的學報，雖然名譽主編為校長傅斯年，實際為董作賓負責。該刊擔負著在學術領域內清除日本五十年殖民主義的影響，弘揚中國傳統文化的重要任務。董負責編務外，還和史語所的同仁一道為其撰稿，他的《湯盤與商三戈》，李濟的《中國古器物學的新基礎》，淩純聲的《記本校二銅鼓兼論銅鼓的起源及其分布》等，都是首先在《“國立”台灣大學文史哲學報》上發表的。
當時的董作賓五十六歲，應當說還是年富力強的。他精神矍鑠，忘我工作，身上的擔子仍不減當年。