這從同到台灣的石璋如回憶中，也可以得到印證：史語所當時除了預備前往台灣之外，也同時進行同仁的疏散分配工作。當時據說要家眷少的才能先去台灣，因為聽說台灣很窮，養不起太多人，去的人也隻能吃香蕉皮，所以不少人打消來台灣的主意。董作賓先生當時還在美國尚未回國，郭寶鈞先生就出主意讓董的家眷往後方撤，郭先生的眷口多也往後方去。來台灣的人並不多……十二月眷屬快要出發時，董先生回國，知道甲骨要運往台灣，他決定不去後方，要隨研究院一起去台灣。有論者說：“董作賓一生不參與政治，是純得不能再純的書生。”此言確實如此，他在美國發表的廣播辭最後那段話就是很好的證明：“最後，我萬分懇切地盼望著：國內的各黨各派，朝野賢達，請你們看看人家，想想自己，大家要真正一心一德，精誠團結，把我們中華民國建設成一個現代的民主國家，接受歐美的科學研究，發揚本國的固有文化。使我們四萬萬五千萬同胞，也能享受到像我們友邦的國民一樣的自由平等，安居樂業的幸福！”無論對共產黨還是國民黨他都沒有攻擊之辭，而是呼籲大家精誠團結，建設國家，“接受歐美的科學研究”，就連當時知識分子最熱衷的歐美政治製度都不屑一顧。因此，在麵臨著“去留兩徘徊”的選擇時，他會選擇“科學研究”。
李濟的一個當時也成為中共地下黨員的學生也曾勸阻他，李濟回答說：“保護這批古物是我的職責，自盧溝橋事變以後，我已護送這批珍寶跋涉了大半個中國，終得以保全。現在我同樣不能眼看著祖宗留下的國寶毀於戰火。國共之戰我管不了，但如果我能保全這批文物而撒手不管，是為不忠不孝，也對不起後世子孫。”
第二方麵的原因是，中央研究院曆史語言研究所已形成了以傅斯年、董作賓一武一文為首的核心，他們具有一定的凝聚力、號召力。傅斯年擔任史語所所長二十年，有能力，有魄力，敢作敢為，使史語所不斷發展，成果累累，盡管他脾氣暴躁愛訓斥人，但他更關心人，凡是一心搞事業的人，是不大會計較這些的。董作賓受命於危難之中，當時雖談不上什麼“領導有方”，但他兢兢業業，任勞任怨，對同事更是關愛有加，雖不能說“力挽狂瀾”，但終使史語所在最艱難的時候渡過難關，這也是有目共睹的。史語所已為人們心所係，情所在，在十字路口上彷徨徘徊之際，人們對這樣的頭頭還是樂於聽從的。
董作賓隻給石璋如說了一句話“你可以同赴台灣”，石毫不猶豫拔腿就“暈暈糊糊”地去了台灣，還說：“我那時並不在乎，我家裏隻有我跟石磊（兒子）而已。”石璋如當時正在患病休養，對外邊的情況了解不多，得知消息晚，很倉促，他回憶說：“董先生告訴我可以去台灣的時候，距離出發隻剩下一兩天，我也無法起身處理搬家的事，所以說叫我休息等於害了我一樣。”研究室裏私人物品一件都沒來得及拿，他最心疼的莫過於牆上掛的一幅大地圖，是其對地理深感興趣而買的。這也讓他觸景生情回憶起往事：“我想起日本人倉促離開中國，跟我那時的境況相去不遠。我們到南京的時候，看見街上有不少小販在賣日本人留下的帶不走的東西，我就想到我宿舍、研究室內的東西的下場，大概也不出於此吧！”
當時，傅斯年一段聲情並茂的話更起了很大的作用，陳槃回憶：自三十七年冬，首都告警，群情惶急，不知何以為計。
一日，師（傅斯年）召集同仁會議，慘然曰：“研究生命，恐遂如告終矣。餘之精力遂消亡，且宿疾未愈，雖欲再將研究所遷至適當地區，使國家學術中心維持得以不墜，然餘竟不克荷此繁劇矣。今當籌商遣散。雖然如此，諸先生之工作，斯年仍願盡最大努力，妥為介紹安置。”
同仁此時，以學術自由之環境受威脅，於多年生命所寄托之研究所，亦不勝依戀可惜。一時滿座情緒，至嚴肅悲哀，有熱淚為之盈眶者。
師於是不覺大感動，毅然曰：“諸先生之貞誌乃爾，則斯年之殘年何足惜，當力命以付諸先生之望耳。”本所遷移之議，於是遂決。第三方麵這或許也是個原因，可能是學文科的人大多長期埋頭故紙堆裏不可自拔，愛鑽牛角尖認死理，頭腦靈活不夠，接受新事物的能力相對較差。而學數理的人，演繹推理，頂級求變，頭腦靈活，接受新事物較快。在形勢瞬息萬變的曆史轉折關頭，有人能認清形勢，跟上時代發展的潮流，有些人自然會落伍，成為抱殘守缺者。