二、細菌性病害
1.番茄青枯病
一般在株高30㎝左右開始發病，病害開始時白天萎蔫，葉片顏色正常，早晚恢複，數天後不再恢複，植株威脅枯死。病莖表麵粗糙，並生有不定根，剖開病莖，可見維管束變色，用手擠壓可見乳白色粘液流出。
藥劑防治 發病初期可用農用0.2‰鏈黴素或0.2‰新植黴素噴霧，結合灌根，灌根用量為每株0.5～0.7㎏，7～19天灌一次，連續2～3次，也可用25%的DT可濕性粉劑600倍液噴霧，7～8天噴一次，連續噴4～5次。
三、病毒性病害
番茄病毒病 主要是花葉型，葉片上出現輕微花葉或微顯斑駁，新葉小、葉脈綠色，植株略矮。蕨葉形，新葉近線狀，植株矮小黃綠色，中下部葉片上卷，重的卷成卷狀。條斑行，葉、莖、果實上發生不同形狀的條斑、斑點、雲紋皺縮褐色壞死斑，一株多證的現象很普遍。
防治措施 病毒病傳播主要由蚜蟲、白粉虱、薊馬等害蟲，因此防蟲治蟲能有效避免病毒病發生。防止病毒病可用20%病毒A可濕性粉劑600倍液或1.5%植病靈乳油1000倍液等進行噴施。
四、生理性病害
1.番茄裂果，番茄裂果是夏秋季季大棚番茄比較常見的生理性病害，是指果實從膨大到綠熟期，從果蒂周圍的果皮開始開始開裂，向果肩部延伸，多呈放射狀開裂，初為細小裂口，著色前裂口加深。有時以果蒂為中心呈環狀開裂，少數果從臍部開裂，果實開裂後嚴重影響外觀及品質。
防治措施 ①加強栽培管理，增施有機肥和磷鉀肥，提高植株抗逆能力。②保護地增溫保濕加強通風透氣，及時澆水，水分供給均勻，切忌前期幹旱，後期打水漫灌。夏季高溫，棚架栽培可用遮陽網，降低田間溫度。③錯期播種，使花期錯過較低溫度時期，從而避免因低溫障礙造成的裂果。④可噴灑96%硫酸銅1000倍液， 0.1%硫酸鋅或0.1～0.7%氯化鈣溶液，加0.1%硼砂，10～15天一次，連噴2～3次。
2.臍腐病
病斑產生於果實頂端臍部，初期青果上出現水漬狀暗綠色病斑，繼而變為暗褐色或黑色，嚴重時擴展到整個果實，病部凹陷，黑色壞死，並由小到大，以果實臍部發病為重。後期濕度大時，病果上出現黑色黴狀物。病果提早轉色變紅。
防治措施 發病主要由於土壤缺鈣引起，另外幹旱和旱澇不均在很大程度上影響鈣的吸收而造成缺鈣，補鈣方法①增施有機肥，加強土壤的透氣性，改變根係的吸收環境。配合施足氮磷鉀肥，避免偏施氮肥，土壤酸化的田塊應用石灰改良或增施過磷酸鈣。②適當疏花疏果防治不必要的鈣素競爭。③ 做果後30天內是果實吸收鈣的關鍵時期，從初花開時葉麵噴施1%的過磷酸鈣液，或噴0.1%的氯化鈣液，加入少量的維生素B6可以防止高溫強光下形成過量草酸，15天噴一次，噴2～3次。
3.日灼病
日灼病多發生在果實膨大期，如與幹旱、缺水，處在發育前期或轉色期以前的果實，期向陽麵受強烈陽光照射，蒸發消耗水分增多，致使果實表麵溫度過高，而灼傷，日灼病多發生在番茄的肩部。病部果麵成有光澤透明果質狀，後變白色或黃褐色斑塊，有的出現皺紋，幹縮變硬後凹陷，果肉變成褐色塊狀。當病部手真菌腐生時長出白黴、黑黴或腐爛。
防治措施 ①要加強通風，使葉麵溫度下降，陽光過強可使用遮陽網覆蓋，降低棚溫。②及時適度整枝打叉，保證植株葉片繁茂，加強植株體內多餘水分蒸騰，防止強光直接照射果實。③及時灌水降低溫度，④噴施0.1%氯化鈣溶液或噴0.1%的96%硫酸銅或 0.1的硫酸鋅溶液可提高抗熱性，增強抗日灼能力。