在賀人龍的指揮之下，陝甘寧一帶的軍民，采取定點清除、步步為營的策略，以集中兵力，對叛軍占據地區逐個斬草除根式的清除。
邪教武裝在金積堡周圍布置了五百七八十座堡寨，負隅頑抗。
平叛部隊用重炮轟擊各個寨堡，金積堡包圍圈，逐步縮小。曆時三個月，金積堡叛軍糧食消耗殆盡，不得已投降。賀人龍下令，““石頭要過刀,茅草要過火,人要換種。斬草除根，永絕後患！”
隨後，河州、西寧邪教叛軍陸續被剿滅，肅州成為陝甘原教旨主義暴亂軍最後彙合的堡壘。
周垣命令帝國反恐部隊、新組建的快速反應部隊進軍肅州，後又加派山地師和生化部隊。
肅州周圍數十多個堡壘首先被反恐部隊攻破。
隨後，前來支援的重炮部隊用大口徑火炮攻城，城隨坍隨壘。
但半個月時間之內，肅州仍未攻下。賀人龍勃然大怒，親自到肅州督戰。曹操羅汝才率領高原軍區的一個機械化步兵師，前來支援。
教匪叛軍孤立無援、傷亡慘重，不得不放棄戰鬥，向賀人龍投降。
叛亂分子當中的主要頭目，全部被淩遲處死。其餘的協同者，遭到流放新幾內亞島。
殘存的邪教叛軍，由大通經永安冒著冰雪嚴寒向河西奔去。
周垣致電賀人龍，命令駐守的扁都口的華夏軍，放過叛軍，“讓他們出嘉峪關外，最後把他們趕過裏海。我軍可以借助平叛為名，向西亞進軍。”
進入天山省境內的邪教叛軍擁有3萬軍隊，8萬多名家眷。他們當中還包括一些不願意留在關內受安置的叛亂分子。
西出陽關之後，邪教叛軍的好日子到了頭，他們的生活變得，十分困難。茫茫戈壁，水源極缺，人煙稀少，沿途死傷人不少。當時為爭奪一口水井，叛軍之間甚至互相爭奪，操刀相向。
沿途走不動而的掉隊的，被酒泉、哈密、昌吉、清水、焉香、鞏留、伊寧、霍城等地的兵團戰士抓捕後，全部送往了裏海流域。幾百年之後，在裏海西部地區，仍有些操陝甘方言的人，他們就是當年掉隊的邪教叛軍的後代。
進入天山省境內之後，邪教叛軍，已經失去戰鬥力，隻有擇路逃生。而帝國的平叛部隊則亦將剩勇追窮寇。豪格、盧象升、羅汝才奉命調集重兵準備將邪教叛軍全部剿殺。
據帝國參謀部統計，這次出關參加剿匪部隊，總共有十個軍，32萬人、火炮6000門，戰車8000輛，飛艇450架。
皇帝陛下的秘密命令是，“將這些叛軍趕八，到黑海邊，把裏海變成中國的內湖。凡是收留、接濟叛軍者，均視為華夏民族的公敵。”
“平叛部隊要一邊追擊，一邊修路和修建堡壘，建設地方政權。各個部隊要采取穩紮穩打的辦法，這次剿匪任務，以十年為期，快點慢點都不行。”
向西逃竄的邪教叛軍拖兒帶女作戰，老女人孺皆有。他們馬背上一邊是裝娃的背簍，一邊是做飯的鐵鍋。有時飯剛做好，帝國追兵不早不晚的追到到了。叛軍將飯鍋一掀，用濕泥土一冷卻，馱上馬背，拔腿就走，繼續餓著肚子跑路。
華夏軍的目的就是，把叛軍肥的追瘦，瘦的追死。
邪教叛軍要想西竄，就必須翻越帕米爾高原的恰克馬克山口，在這裏，即使是帝國邊境部隊按照陛下的命令放他們出關，但能不能活著走過雪山，還是個未知數。
作為世界的屋脊，帕米爾高原是亞洲大陸南部和中部地區主要山脈的彙集處，它群山起伏，連綿逶迤，雪峰群立，聳入雲天。
帕米爾共分八"帕"，由北向南依次為:和什庫珠克帕米爾、薩雷茲帕米爾、郎庫裏帕米爾、阿爾楚爾柏米爾、大帕米爾、小帕米爾、塔克敦巴什帕米爾、瓦罕帕米爾。
為了保衛這一片領土，華夏帝國陣在各帕原先八所卡倫的基礎之上，建設了18座哨所和20個補給站，用於保證交通線，保衛邊疆﹐巡查國境。各種卡倫根據各自的任務﹐有的在固定地點守望﹐有的在一定範圍內巡邏。有些相近的卡倫則組成網絡﹐在適中地點設立標誌﹐各卡倫官兵按規定路線巡查﹐到設有標誌的地點會哨﹐交換籌牌。