李璆率領部隊奔東城突圍，但是因為清軍防衛嚴密，無法突破，便向南狂奔，多鐸下令放開一個口子，放開敵人，為避免不必要的傷亡。
土兵見此情形，呼喊著離開。
守城的兵丁見主將跑了，全都拋棄兵器和盔甲軍服，紛紛從城牆上跳下逃命。有人因此摔碎了腦袋而死，還有摔折了腿骨的。再回頭看看城牆上已空無一人。
率先入城的清軍士兵揮舞兵器，白刃亂下，守城的丁壯驚慌奔逃，互相擁擠踐踏。因為逃跑的人太多，下城的道路很快被堵塞。棒子兵丁壯無奈之下，隻好跳上民房逃跑，摔死摔傷者十之八九。僥幸活下來的人，在屋頂上飛奔，也不管身後一片瓦片狼藉。躲在屋中的居民，皆驚惶萬狀。但此刻卻不得不，屏息靜氣，以免驚擾了追殺的清軍士兵。
多鐸率領全副武裝的清兵入城，步伐嚴整。
那些精明的棒子軍民，開始設案焚香，一片媚態，對清軍以示臣服和不敢抗拒。
多鐸對手下軍官笑道，“讓兄弟們樂嗬樂嗬吧！屠城3日，大搶3日。“
當地幸運的一個讀書人在回憶錄中寫道“城破那天，諸婦女長索係頸，累累如貫珠，一步一跌，遍身泥土；滿地皆嬰兒，或襯馬蹄，或藉人足，肝腦塗地，泣聲盈野。”
龜城變成了屠宰場和人間地獄，血腥惡臭彌漫，到處是肢體殘缺的屍首，一切社會準則都不複存在了。
有些精明的棒子為了性命得以赦免，像奴隸一樣為清兵服務，替這些入侵者做飯，打掃衛生。等後來的人再想加入進去，卻被謝絕了。
大屠殺持續到第二天。
棒子們對死亡已經麻木。一旦遇到清兵，也不管己方的人數多少，全部俯首匍匐，已經就任，引頸受刃，無一敢逃者。
事實上，並不是清兵有多麼勇敢，而是棒子們太軟弱。一個清兵，遇見近五十名青壯男子，清兵橫刀一呼：“蠻子來!蠻子來!”這些人皆戰戰兢兢，無一敢動。這個清兵押著這些人無捆綁去殺人場，無一人敢反抗，甚至沒一人敢跑。到刑場後，清兵喝令：“跪!”呼啦啦全部跪倒，任其屠殺。
有些地痞無賴和遊兵散勇趁機渾水摸魚，抓住那些落單的家夥，立刻拷打，要他們交出財寶來，否則立刻處死。
還有一些人躲在垃圾堆裏，身上塗滿了亂七八糟的東西，希望不被人注意到。
但是清軍也不少，他們或者用長矛猛刺垃圾堆，直到發現躲藏在裏麵的人為止。
第三天，多鐸命令部隊開始放火，“這些小棒子，沒有一個好東西。把那些房子全部給我燒掉。我要讓他們知道，這就是和皇軍作對的下場。”
這年頭的房子多是草木結構，遇火即燃，而且一燒就是一大片。
那些僥幸活下來的人們，很多人被無情的大火吞噬。也有一些人跑到街上，正當他們準備長出一口氣的時候，很多人被正在屠城的清軍殺死。更多的人是被那些遊兵散勇，或者流氓無賴，亂棒打死。
一場暴雨不期而至，算是救了那一些男女老少棒子。
第四天，多鐸命令貼出布告，開倉放糧賑濟災民。
這些軍糧是李璆多年積累下來的，，堆積如丘陵，現在他所有的努力都是為他人作嫁衣裳，
多鐸看著往來負載領取糧米的人，冷笑不已。
那些饑民無不是焦頭爛額，斷臂折脛，刀痕遍體，血漬成塊，滿麵如燭淚成行，碎爛鶉衣，腥穢觸鼻。很多人都手持拐杖，挾著一個草袋，正如神廟中的竄獄冤鬼。有一點樣子能讓人看得進去的倒是那些乞丐。眾人爭搶糧米之時，你爭我奪，互不相讓即使是至親知交也絲毫不顧。那些身強而凶悍的人一次次地往來搬運糧米，而弱者竟日也得不到一點糧食。
第五天，天氣晴朗，萬裏無雲。
道邊的積屍經過雨水浸泡而暴漲，皮膚呈青黑色如蒙鼓皮，血肉在裏麵潰爛，穢臭逼人，再經過太陽暴曬，氣味愈加濃烈。為了避免瘟疫，多鐸下令讓清軍焚灼屍體。