瘟疫爆發之後，很多家庭兒童相繼死亡，接著也有很多成人相繼死去。幾乎是家家聞哭聲，戶戶有人吊孝。
翁濟世對此憂心忡忡，他告訴周垣。“天花已成為孩子成長過程中人人必過的一道鬼門關。在我大明朝，幾乎有四分之一的兒童死於痘症。至於那些蠻夷地區，因為天花而死的人則更多！”
江浙地區，有一個笑話：常（長）興一老布衣，平時奸狡，自號清客，書門對一聯雲：心中無半點事，眼前有十二孫。其鄰人嘲之，續其下聯雲：心中無半點事，兩年不曾完糧；眼前有十二孫，一半未經出痘。聞者皆笑。
雖然是個笑話，但也從側麵說明，很多人家沒有足夠的條件去接種人痘苗。
周垣若做思考，說道，“我建議給我們控製區的老百姓免費接種牛痘。”
“將軍，哪有免費給人治病的道理？製取牛痘苗的錢從何處來？”
“我們這樣做，不過是邀買人心而已。“周垣笑道，“至於錢財，那些土豪劣紳會送來的。如果不讓老百姓得到好處，他們憑什麼跟我們走。”
消息一出，人們紛紛奔走相告。盡管有些人對周垣免費種痘的宣傳將信將疑，但是在死亡的威脅之下，還是拖兒帶女來到周垣的軍中。
奇跡發生了，凡是接種牛痘苗的人，對天花病毒百分之百的免疫。
躲過了一劫的人們，無不對周垣感激涕零，皆稱周垣的軍隊為菩薩兵。
周垣團隊發明的牛痘苗極大的彌補了人痘苗的不足，而且在實驗室可以大量的生產。慢慢的牛痘苗取代了人痘苗，被華夏帝國的醫學界所接受。
翁濟世在後來的回憶中寫道，“牛痘接種敲響人類天花的喪鍾。免疫學的基礎就這樣被奠定了.”
翁濟世被稱為世界免疫學的鼻祖，。盡管周垣提出了牛痘種植術，他卻沒有貪這份功勞。作為華夏帝國的，創始人和奠基者，他的豐功偉績可以說是恒河沙數。
華夏帝國建立之後，在周垣的指導下，帝國醫科大學，在創立了細菌分離培養技術的基礎上，通過係統的科學研究，利用物理化學以及生物學的方法，獲得了減毒菌苗，並用於疾病的防治和治療。
帝國的騎兵部隊戰士以及帝國的集體牧場牧民，因為長期和牲畜打交道，很多人因為接觸到感染炭疽病的牛、馬、羊，而患上皮膚炭疽病。
手、麵、頸等外露皮膚，初為紅色丘疹、黑色血泡，破潰並結成黑色硬痂，並有發熱、頭痛等全身中毒症狀。尤其是在偏遠地方的牧民，因為治療不及時，致殘和死亡率都比較高。還有一些牧民，由吸入炭疽杆菌，患上肺炭疽呼吸衰竭而死。
幸運的是，這種高致病性、生命力極強的杆菌，對青黴素類藥物很敏感。而在此時，帝國醫科大學已經發明了原始的青黴素。
我要保證帝國戰士和牧場農工的身體健康，帝國醫科大學實驗室在周垣的指導下，以高溫培養法製備了炭疽疫苗。
騎兵部隊，牧民、獸醫、屠宰牲畜人員,製革及皮毛加工人員,炭疽流行區的易感人群及參加防治工作的專業人員。接種炭疽疫苗之後，致死、致病的情況再也沒有發生過。
不久之後，帝國醫科大學實驗室用狂犬病毒在兔體內經連傳代製備了狂犬病疫苗。
狂犬病是一種人獸共患的急性傳染病。即使在後世，對狂犬病的治療還缺乏有效的手段，人患狂犬病之後，病死率在百分之一百。
“狂犬病疫苗是周垣帶給17世紀的華夏帝國的另外一個福音。”《華夏帝國簡史。醫學史》中鮮明的指出，“包括炭疽疫苗和狂犬疫苗在內的減毒疫苗的發明，為實驗免疫學打下了基礎，也為疫苗的發展開辟了新局麵。”
帝國首都南京
帝國防疫部隊司令部給周垣送來一份秘密報告，“位於高麗半島的征東行省內，發生重大疫情，人口的死亡率超過50%。”
“尼瑪，這簡直就是一場生化戰。”周垣大吃一驚，“如此歹毒，究竟是什麼人幹的？”
周垣命人請李岩來到乾清宮，將秘密報告遞給他，“參謀長，這件事情你怎麼看？”