（一）預算監督不力。目前，國庫對財政撥款的監督停留在事前監督，而對資金撥出後運作效益監督不力。沒有有效的監督，必然幹擾正常的經濟秩序。目前的分散支付製度下，預算資金一旦撥付，就脫離了財政的監督，存在嚴重的挪用、截留、克扣現象。財政資金撥付程序煩瑣、到位慢，財政資金容易造成大量資金沉澱，資金使用效率低。
（二）具體實施中，個別部門和單位對製度認識不足。國庫集中收付製度改革的過程中，對於個別部門、單位的利益有所觸動，有的人對改革方案、管理辦法理解不深，還在等待與觀望；有些人的觀念與改革的要求不一致，出於一己私利考慮，不願意改革；有的人習慣於傳統的管理方式，不願意去熟悉、掌握新的管理方式。這些個別部門和單位人員的種種認識都製約著國庫集中收付製度向縱深發展。
（三）零餘額賬戶管理及使用欠規範。按照相關製度規定，零餘額賬戶日終不應有“餘額”，但在實踐中，代理銀行零餘額賬戶上卻易出現餘額。據調查，代理銀行對零餘額賬戶的核算方式，易造成國庫資金與代理銀行的應收或墊付類賬戶清算，而零餘額賬戶管理與現行的結算製度相違背。因為代理銀行在辦理支付未與人民銀行清算的情況下，會虛增零餘額賬戶收入。
三、進行財政國庫管理製度改革的建議
（一）完善相應配套措施國庫集中收付製度改革是一項複雜的係統工程，涉及到財政管理體製和國庫管理體製的變革及相互間協同配合、信息溝通等問題，必須運用先進的財政收付信息係統，充分利用現有商業銀行的網絡係統，按照市場經濟原則，引進競爭機製；盡快製定相關規定和辦法，做好國庫收付製度的前後銜接，明確各預算單位的會計主體責任和義務，有效防止各預算單位轉嫁財務違規風險。
（二）嚴格監督控製要加強對國庫集中收付中心、績效評價中心、政府采購中心工作人員的約束和監管，不斷完善和規範各項管理製度；搞好與預算單位賬務的銜接，設置相關的輔助賬，與預算單位定期對賬；強化預算約束。嚴格收支審批權限，控製和管理好資金的收支；實行財務公開，提高財務管理的透明度的同時要建立全麵的內外部監督機製，建立科學有效的監督網絡。
（三）規範財政審批製度、強化權力製約和監督力度。
通過財政國庫集中支付的改革，加強了其它幾項財政工作的監管。一是進一步加強財政專項資金的管理力度。按照縣政府製定的《固陽縣財政專項資金報賬管理辦法》（固政辦發[2012]94號）要求，重點加強對各類財政專項資金支出的管理和監督，加強專項支出的事前、事中、事後管理，配合完善了財政資金績效考核、跟蹤問效工作。
（四）加強支付中心工作人員服務意識，提高窗口服務質量。
收付中心是財政部門的窗口單位，窗口服務水平直接體現財政部門形象，按照保持共產黨員先進性要求，牢固樹立為人民服務思想，提高辦事效率，強化服務質量。保持良好的行風、行貌。對國庫集中支付係統出現的問題都能作耐心細致的解釋工作，使全縣各單位能夠理解財政改革，更好服務於固陽縣經濟建設。