（3）整合審計對特殊事項的考慮。內部控製審計和財務報表審計都強調對舞弊的關注，且兩者具有相關性。在財務報表審計中，注冊會計師主要通過實施實質性審計程序來評估被審計單位在財務報表方麵是否存在舞弊行為。因此在內部控製審計中，注冊會計師應該考慮依據在財務報表審計中對舞弊風險的評估結果來修改審計計劃，並測試相關控製，以確認是否存在管理層淩駕於控製之上或因內控製度漏洞導致舞弊的控製缺陷。
3、出具審計報告階段的整合
在財務報表審計中，注冊會計師可對財務報表出具的意見類型為無保留意見、保留意見、否定意見和無法表示意見的審計報告。需要注意的是對內部控製進行審計後不能發表保留意見，如果審計範圍受到限製而無法表示意見時，注冊會計師應出具無法表示意見的審計報告。
因此注冊會計師實施整合審計，應對內部控製審計的結果和財務報表審計的結果分別出具審計意見。在出具審計報告時，注冊會計師既可選擇合並報告形式，也可以獨立報告形式來對財務報表和相關內部控製發表恰當的審計意見。
三、整合審計的效用分析
1、整合審計對提高審計報告質量的影響。雖然財務報表審計與財務報告內部控製審計的目標不同，但是二者具有部分相同的審計程序以及審計方法，由此會產生知識溢出效應，即從審計技能以及審計效率的角度出發，內部控製審計可以增強注冊會計師對客戶內部控製方麵的了解，更好的對客戶的控製風險進行評估，從而提高了財務報表的審計質量；而在實施財務報表審計實質性程序中發現的重大錯報可以使注冊會計師關注到可能存在缺陷的內部控製點，從而提高了內部控製的審計質量。因此整合審計有助於提高審計質量，提高企業披露財務報表信息的質量。
2、引導報告使用者正確認識整合審計報告。財務報表審計報告是注冊會計師對財務報表的真實性和可靠性直接進行評價的結果，而內部控製審計報告則是對財務報告真實可靠的保障機製的評價結果。提高企業財務報告可靠性的根本途徑在於健全財務信息真實可靠的保障機製，即內部控製製度。整合審計將內部控製審計和財務報表審計有機地結合起來，極大的提高了外部審計對企業財務信息真實性的保證程度。而整合審計報告既包含了內部控製審計的結論也包含了財務報表審計的結論。認識兩種審計報告之間相互印證相互利用的關係可以更好的幫助報告使用者理解企業經營狀況和財務信息，作出合理的決策。
參考文獻：
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[2]朱永祥.胡茜茜.整合審計思路下的內部控製審計—LB股份公司內控整體層麵審計分析[J].財會月刊.2012（19）